Im Jahr 1614 steht der pensionierte Shogun Tokugawa Ieyasu vor einer Nachfolgekrise, da entschieden werden muss, welcher seiner Enkel der dritte Tokugawa-Shogun wird. Um die Angelegenheit zu klären, hebt er einen langjährigen Nichtangriffspakt zwischen zwei rivalisierenden Ninja-Clans, den Koga aus Manjidani und den Iga aus Tsubagakure, auf und befiehlt jedem, zehn Elitekrieger auszuwählen, die bis zum Tod kämpfen. Der Clan, der alle zehn der gegnerischen Seite eliminiert, gewinnt, und der Enkel, den sie vertreten, wird zum unangefochtenen Erben ernannt.

Die Koga- und Iga-Clans hegen seit vier Jahrhunderten eine erbitterte Fehde, und ihre Mitglieder besitzen außergewöhnliche, oft unmenschliche Fähigkeiten, die durch Generationen gezielter Zucht entwickelt wurden. Zu den auserwählten Kämpfern gehören die beiden jungen Erben: Koga Gennosuke, Enkel des Koga-Anführers, und Iga Oboro, Enkelin des Iga-Anführers. Trotz des Hasses ihrer Clans haben sich Gennosuke und Oboro ineinander verliebt und waren verlobt, in der Hoffnung, dass ihre Verbindung endlich das uralte Blutvergießen beenden würde.

Nun werden sie gezwungen, auf gegnerischen Seiten eines brutalen Konflikts zu stehen, den keiner von ihnen will. Gennosuke besitzt das Basiliskenauge, ein Dojutsu, das die Tötungsabsicht eines Angreifers auf ihn selbst zurückwendet. Oboro besitzt das okkulte Durchdringungsauge, das jede gegen sie gerichtete Ninja-Technik oder -Fähigkeit neutralisiert. Ihre persönliche Tragödie spiegelt das größere Gemetzel wider, während die zwanzig Ninja ihre einzigartigen Künste entfesseln – spinnenartige Beweglichkeit, Gestaltwandel, giftiger Atem, nahezu Unsterblichkeit und mehr – in einer Reihe tödlicher Begegnungen in der japanischen Landschaft.

Die Erzählung folgt der unerbittlichen Eliminierung der Kämpfer, wobei jeder Tod den Weg zu einer unvermeidlichen Konfrontation zwischen den beiden Liebenden verkürzt. Die Geschichte erforscht Themen wie Pflicht versus Liebe, die Kosten ererbten Hasses und die Manipulation von Kriegern durch politische Mächte, die außerhalb ihrer Kontrolle liegen. Zu den wichtigsten Handlungsbögen gehören der anfängliche Überraschungsangriff der Iga, die Reise der Koga, um Ieyasu und den zweiten Hattori Hanzō gegenüberzutreten, und der letzte tragische Showdown zwischen Gennosuke und Oboro, bei dem ihre persönliche Bindung gegen das Gewicht der Schicksale ihrer Clans getestet wird.