Im Jahr 1614 steht Japan unter der Herrschaft des Tokugawa-Shogunats, doch eine Nachfolgekrise droht, die Regierung zu zerreißen. Der zurückgetretene Shogun Tokugawa Ieyasu sieht sich einem Streit zwischen zwei seiner Enkel gegenüber, die jeweils von rivalisierenden Fraktionen am Hof unterstützt werden. Um die Angelegenheit ohne offenen Bürgerkrieg zu regeln, belebt Ieyasu einen jahrhundertealten Konflikt zwischen zwei legendären Ninja-Clans wieder: den Kōga von Manjidani und den Iga von Tsubagakure. Ein fragiler Waffenstillstand, der vor langer Zeit von Hattori Hanzō vermittelt wurde, hatte die Clans davon abgehalten, sich gegenseitig auszulöschen, doch der Hass zwischen ihnen war nie wirklich gestorben. Nun wird dieser Waffenstillstand aufgehoben. Jeder Clan muss zehn seiner besten Krieger auswählen, die in einem Stellvertreterkrieg auf Leben und Tod kämpfen. Der Enkel, der von dem überlebenden Clan vertreten wird, soll der nächste Shogun werden, und der siegreiche Clan wird für tausend Jahre die Gunst der Tokugawa genießen.

Die Geschichte folgt Kōga Gennosuke, dem jungen Erben des Kōga-Clans, und Oboro, der jungen Erbin des Iga-Clans. Bevor der Waffenstillstand gebrochen wurde, hatten die beiden sich tief ineinander verliebt und waren verlobt, in der Hoffnung, dass ihre Verbindung die Fehde zwischen ihren Familien endgültig beenden und dauerhaften Frieden bringen würde. Ihr Traum wird zerstört, als der Konflikt neu entfacht wird und sie auf gegnerische Seiten eines brutalen Krieges gezwungen werden, den keiner von ihnen will. Gennosuke besitzt die Kraft des Basiliskenauges, eine Technik, die jede Tötungsabsicht auf den Angreifer zurückwirft und ihn dazu bringt, sich selbst zu vernichten. Oboro, obwohl sie keine Ninjutsu beherrscht, besitzt die angeborene Fähigkeit namens Hagengan, oder okkult-durchdringendes Auge, die alle Ninja-Techniken allein durch Ansehen neutralisieren kann. Ihre Liebe wird gegen die Forderungen von Pflicht, Ehre und dem Überleben ihrer Clans auf die Probe gestellt.

Der Kōga-Clan wird von dem älteren Danjō angeführt, einem Meister der versteckten Giftnadeln, der einst Ogen, die Anführerin der Iga und Großmutter von Oboro, liebte. Neben Gennosuke stellt der Kōga-Clan eine Reihe tödlicher Kämpfer auf: Muroga Hyōma, Gennosukes blinden Onkel, der das Basiliskenauge teilt, es aber nur nachts einsetzen kann; Jimushi Jūbee, einen gliedmaßenlosen Ninja, der sich mit schlangenartiger Geschwindigkeit bewegt und eine verborgene Klinge aus seiner Kehle spuckt; Kasumi Gyōbu, der sich in Wände und feste Oberflächen verschmelzen kann, um Feinde zu überfallen; Udono Jōsuke, einen fettleibigen Mann, dessen gummiartiger Körper immun gegen physische Angriffe ist; Kazemachi Shōgen, einen spinnenartigen Kämpfer, der kanonenkugelartigen Schleim spuckt und sich mit erschreckender Beweglichkeit fortbewegt; Kisaragi Saemon, einen Meister der Verkleidung, der perfekt jedes Gesicht und jede Stimme annehmen kann; seine jüngere Schwester Koi, deren Haut das Blut eines jeden absorbiert, den sie berührt; und Kagerō, eine legendäre Schönheit, deren Atem tödlich giftig wird, wenn sie in der Nähe eines Mannes ist, den sie begehrt. Kagerō liebt Gennosuke heimlich, kann sich ihm aber wegen ihrer tödlichen Kraft nicht nähern, und hegt Groll gegen Oboro, weil sie sein Herz gewonnen hat.

Der Iga-Clan wird von der gealterten Ogen beaufsichtigt, einer Meisterin aller Ninjutsu. Ihr Stellvertreter ist Yakushiji Tenzen, ein kalter und unsterblicher Intrigant, der sich aufgrund eines parasitären Wesens in seinem Körper von jeder Wunde erholen kann. Neben Oboro umfassen die Iga-Streitkräfte: Shuken, die Blut aus ihren Poren sprühen kann, um einen purpurnen Nebel zu erzeugen und Feinde zu überfallen; Amayo Jinzaburō, einen Mann, der sich in Flüssigkeit auflösen kann, aber stirbt, wenn er Salz berührt; Hotarubi, eine schöne Frau, die Insekten und Reptilien kontrolliert, Schmetterlinge für Illusionen und eine weiße Giftschlange als Waffe einsetzt; ihren Verlobten Yashamaru, der ein schwarzes Seil aus behandeltem Frauenhaar führt, das so scharf und stark wie Stahl ist; Chikuma Koshirō, einen loyalen jungen Kämpfer, der Doppelsicheln verwendet und durch Einatmen winzige Wirbelwinde erzeugen kann; Azuki Rōsai, einen alten Mann mit Gliedmaßen, die sich frei dehnen und verrenken können; und Minonki, einen haarigen, bestienartigen Mann, der einen Stab benutzt und sein dickes Haar als zusätzliche Gliedmaßen kontrolliert.

Der Konflikt beginnt mit einem Gewaltausbruch, als die Clanführer Danjō und Ogen sich treffen und in einem gegenseitigen Schlag töten. Die zehn Krieger auf jeder Seite liefern sich dann eine Reihe brutaler Einzel- und Kleingruppenkämpfe in der japanischen Landschaft. Jeder Kampf zeigt die einzigartigen und oft grotesken Fähigkeiten der Kämpfer, wobei die Zahl der Toten auf beiden Seiten stetig steigt. Persönliche Loyalitäten, geheime Liebschaften und alte Grollgefühle verkomplizieren den Kampf. Saemon nutzt seine Verkleidungskräfte, um in die Iga einzudringen und Chaos zu stiften. Kagerōs giftige Natur führt zur Tragödie. Tenzens Unsterblichkeit macht ihn zu einem scheinbar unaufhaltsamen Gegner. Die Romanze zwischen Gennosuke und Oboro ist eine ständige Unterströmung, da beide versuchen, einen Weg zu finden, das Blutvergießen zu stoppen, ohne ihre Clans zu verraten.

In den letzten Phasen des Krieges bleiben nur Gennosuke und Oboro übrig. Die beiden treffen auf dem Schlachtfeld aufeinander. Oboro, die sich nicht dazu durchringen kann, den Mann zu töten, den sie liebt, richtet ihr Hagengan auf sich selbst und begeht Selbstmord. Gennosuke, mit gebrochenem Herzen, trägt ihren Körper in einen Fluss und schreibt den Sieg der Iga mit ihrem Blut auf die Schriftrolle, bevor er sich selbst das Leben nimmt. Der Krieg endet ohne wahren Sieger, und die Liebe zwischen den beiden Erben wird durch genau den Konflikt ausgelöscht, den sie verhindern sollte. Die Geschichte ist eine tragische Erzählung von Pflicht gegen Liebe, in der der uralte Hass zweier Clans die Hoffnung auf Frieden verschlingt, die ihre jüngsten Mitglieder verkörpern.