Haruka Minazuki und Aoi Kannazuki sind beste Freundinnen und Schülerinnen der St. Cherine Academy. Tagsüber führen sie ein gewöhnliches Schulleben, doch wenn Gefahr droht, verwandeln sie sich in die magischen Beschützerinnen, die als die Zwillingsengel bekannt sind: Haruka wird zum energiegeladenen Roten Engel und Aoi zum besonnenen Blauen Engel. Ihre Hauptaufgabe ist es, die Fragmente des Heiligen Grals wiederzubeschaffen – sieben magische Amulette, die von der verbrecherischen Organisation unter der Führung eines Mannes namens Black Trader gestohlen wurden. Die Amulette besitzen, wenn sie zusammengefügt sind, immense Macht, und Black Trader sowie seine Untergebenen, darunter die Zwillingsattentäterinnen Tesla und Nine Violet, werden alles tun, um sie an sich zu bringen.

Der Manga folgt Haruka und Aoi, während sie Schule und geheime Heldentaten unter einen Hut bringen und sich einer Reihe von Feinden stellen, die von Black Trader ausgesandt werden. Früh in der Geschichte gesellt sich Kurumi Hazuki zu ihnen, Aois energiegeladene Cousine, die zum Weißen Engel wird. Gemeinsam spüren die drei Zwillingsengel die Amulette auf, während sie sich auch persönlichen Zweifeln stellen und ihre Bindungen vertiefen. Die Handlung weitet sich später aus und beinhaltet eine neue Bedrohung: den Black Fund, eine böse Organisation, die ein mächtiges Artefakt namens Tränen eines Engels stiehlt. Die Zwillingsengel, nun einschließlich der ehemaligen Feindinnen Tesla und Nine, die die Seiten gewechselt haben, müssen einen letzten Kampf führen, um das Artefakt zurückzuerobern und Frieden zu bringen. Der Manga endet damit, dass die Zwillingsengel den Black Fund erfolgreich besiegen, wenn auch nicht ohne Opfer, und zu ihrem Alltag zurückkehren, ihre Kräfte und Freundschaften geprüft, aber gestärkt.