Im Jahr 1649 hat sich Jubei Yagyu, der legendäre einäugige Schwertkämpfer und Oberhaupt des Yagyu-Klans, weitgehend aus dem öffentlichen Leben zurückgezogen. Während er eine Noh-Aufführung seines Freundes und Untergebenen Chikuami beobachtet, greift plötzlich eine Ninja-Armee das Dorf an. Die Angreifer tragen ein Wappen, das als Koka Aoi no Mon bekannt ist – eine modifizierte Tokugawa-Malve mit dem Schriftzeichen für Koka in der Mitte – und behaupten, Tokugawa Ieyasu aus einer alternativen Edo-Zeit zu dienen, in der Ninja und nicht Samurai herrschen. Der Angriff verwüstet das Yagyu-Dorf und tötet wahllos Frauen und Kinder. Jubei gelingt es, die erste Welle abzuwehren, doch Chikuami schlägt vor, dass sie durch die Kraft des Noh, die Zeit zu durchqueren, die Vergangenheit ändern und den Angriff ungeschehen machen könnten. Entschlossen, das Geheimnis der Zeitreise zu lüften, reisen sie nach Kyoto, um den Mystiker Jaaami zu finden, der angeblich die verbotene Technik namens Tokiwatari besitzt. Jubei findet sich bald in der alternativen, von Ninja beherrschten Edo-Ära wieder, wo er auf verzerrte Versionen historischer Persönlichkeiten trifft. Er stellt sich Tokugawa Hidetada, der ihn eliminieren will, um die Position des Shoguns zu sichern, und Tokugawa Iemitsu, der einen elektrischen Angriff namens Haorai einsetzt und von einer unsichtbaren Barriere geschützt wird. Ein neu interpretierter Miyamoto Musashi, in dieser Welt Takezo genannt und ein Versager bei Ganryujima, kämpft mit einem Stahlruder, bevor er in eine Kampfmaschine verwandelt wird. Jubei verbündet sich zudem mit einer Widerstandsbewegung unter der Führung von Amakusa Shiro, zusammen mit anderen historischen Namen wie Hozoin Inshun und Araki Mataemon. Die Geschichte wird durch die Entdeckung einer einäugigen Leiche im Jahr 1650 eingerahmt, die Jubei zu sein scheint, bei der jedoch das falsche Auge fehlt, was auf das vielschichtige Rätsel der beiden Edo-Zeiten hindeutet. Die Manga-Version, illustriert von Ken Ishikawa, adaptiert Futaroh Yamadas Roman, betont jedoch den Konflikt zwischen der von Samurai geführten historischen Welt und der von Ninja beherrschten Alternativwelt und integriert Figuren aus Yamadas anderen Werken. Die Erzählung blieb aufgrund der Einstellung des Mangas unvollendet.