Kei Nimori, ein Sechstklässler, bemerkt seinen Namen und die Worte „Nachschulpflicht“ an der Tafel seines Klassenzimmers. Er hält es für seltsam, schenkt dem aber keine weitere Beachtung, bis in dieser Nacht eine Schulglocke läutet und eine Stimme ihn zur Nachschulpflicht ruft. Plötzlich wird er in eine alternative Dimension seiner Schule gezogen, wo er sich neben sechs anderen wiederfindet, darunter sein ehemaliger Freund Sei Ogata. Sie sind in dieser verdrehten Version ihrer Schule gefangen, jede Nacht von genau 12:12:12 Uhr bis 4:44:44 Uhr.

Eine mysteriöse Kraft weist ihnen die Aufgabe zu, die unbenannten Mysterien der Schule zu dokumentieren – Wesenheiten, die sich als schreckliche Monster in den Klassenzimmern und Fluren manifestieren. Die Schüler müssen diese Begegnungen beobachten, aufzeichnen und überleben, im Wissen, dass jeder Fehler ihr Leben kosten könnte. Die Mysterien greifen auf die traditionellen sieben Schulmysterien der japanischen Folklore zurück, werden hier jedoch als unbegreiflich und gewaltsam real dargestellt, nicht als harmlose Gerüchte. Die Geschichte folgt Kei und seinen Mitgefangenen, während sie darum kämpfen, die Regeln dieser albtraumhaften Schule zu verstehen, sich eskalierenden Bedrohungen stellen und mit der Spannung zwischen Zusammenarbeit und Selbsterhaltung ringen. Die Handlungsbögen konzentrieren sich auf ihre verzweifelten Versuche, jedes Mysterium zu dokumentieren, die langsame Erosion von Vertrauen und Verstand sowie die verborgenen Verbindungen zwischen den Monstern und der eigenen Vergangenheit der Kinder.