Mario, Luigi und Prinzessin Peach reisen zu Yoshis Insel für einen fröhlichen Besuch, doch Bowser unterbricht dies, indem er Peach entführt. Mario und Luigi machen sich auf, sie zu retten, und Donkey Kong schließt sich der Verfolgung an. Allerdings wird Donkey Kong hereingelegt, als er eine von Bowser angebotene Banane isst, und wird zum Diener des Koopa-Königs. Er führt die Klempner zu einem riesigen Brunnen, wo sie sehen, was wie Peach aussieht, aber nur eine Puppe entdecken, die einen Brief von Bowser hält, in dem erklärt wird, dass sie sich in Hölle Donkey World befinden. Um Donkey Kongs erzwungene Loyalität zu brechen, müssen Mario und Luigi eine Regenbogenbanane finden, die am Grund des Ozeans versteckt ist. King K. Rool verbündet sich später mit Bowser, nimmt Luigi als Geisel, um eine Falle für Mario und seine Verbündeten zu stellen.

Im zweiten Buch kehren Mario und Donkey Kong nach ihrer langen Reise nach Mario Land zurück und finden Prinzessin Peach und all ihre Freunde zu Stein verwandelt. Hinweise deuten auf Kaptain K. Rool und seine Crew hin, also reisen sie zur Kremling-Insel in Donkey World. Dort befreien sie Diddy und Dixie Kong aus einer Kiste, aber K. Rool manipuliert die beiden jungen Affen, sodass sie sich gegen Mario und Donkey Kong wenden. Die Helden müssen die Versteinerung rückgängig machen und die manipulierten Kongs sowie ihre Krokodil-Entführer besiegen.

Die Geschichte wird durch eine Mischung aus Erzählung und interaktiven Aktivitäten wie Rätseln, Labyrinthen, Fehler-Such-Spielen und Picross-Herausforderungen erzählt. Die Hauptfiguren sind Mario, der mutige Klempner; sein vorsichtiger Bruder Luigi; der mächtige, aber leicht manipulierbare Donkey Kong; Prinzessin Peach, die entführte Herrscherin; Bowser, der Hauptgegner; und King K. Rool, der als zweiter Bösewicht dient. Die Schauplätze erstrecken sich über das Pilzkönigreich, Yoshis Insel, die bizarre Donkey World und die Kremling-Insel, basierend auf Super Mario World, Donkey Kong Country und Donkey Kong Country 2: Diddy's Kong Quest.