Youko Takahashi ist eine Universitätsstudentin mit einer ungewöhnlichen Fähigkeit: Sie kann Geister, Youkai und andere übernatürliche Wesen sehen, die für normale Menschen unsichtbar sind. In ihrer Wohnung lebt ein Zashiki-Warashi namens Zashiko, ein kindlicher Geist, den nur Youko wahrnehmen kann. Obwohl Zashiko nicht sprechen kann, verbindet die beiden eine enge Bindung, und Youko fungiert oft als Brücke zwischen der Menschenwelt und der verborgenen Welt der Halbwesen – Wesen, die die Quelle vieler okkulter Phänomene sind.

Die Geschichte folgt Youko, während sie auf verschiedene Seltsamkeiten stößt: eine Freundin, die sich ständig beobachtet fühlt, einen geisterhaften Anruf namens Merry-san, die legendäre Hanako-san der Schultoilette und ein Hotel in Okayama, das von einer seltsamen Heimsuchung geplagt wird. Mit Hilfe des Physikprofessors Souma-sensei und des Kulturanthropologieprofessors Kami-mura untersucht Youko diese Vorfälle und entdeckt, dass hinter jeder Geistergeschichte oder urbanen Legende oft ein Halbwesen steckt – ein Wesen mit eigenen Wünschen, Ängsten und der Unfähigkeit, mit Menschen zu kommunizieren.

Zu den Hauptfiguren gehören der energiegeladene Zashiki-Warashi Zashiko, der nur in Youkos Wohnung existieren kann; der rationale und leicht exzentrische Souma-sensei, der sich Mysterien aus wissenschaftlicher Perspektive nähert; der direkte, aber sachkundige Kami-mura; sowie Youkos Freundinnen Kasumi und Sayori, die sie gelegentlich in ihre eigenen übernatürlichen Probleme verwickeln. Spätere Handlungsbögen führen andere Halbwesen ein, wie das echogleiche Yamabiko und eine Polizeieinheit, die auf Fälle mit Halbwesen spezialisiert ist.

Im Verlauf der Serie lernt Youko, dass ihre Fähigkeit mehr als eine Kuriosität ist – sie macht sie zu einer lebenswichtigen Verbindung zwischen Menschen und der verborgenen Halbwesenwelt. Sie hilft Halbwesen, die nicht für sich selbst sprechen können, löst Konflikte, die aus Missverständnissen entstehen, und findet sich allmählich mit ihrer eigenen Natur als jemand ab, der weder vollständig gewöhnlich noch vollständig übernatürlich ist. Die Erzählung balanciert episodische okkulte Mysterien mit einer wachsenden übergreifenden Geschichte über das Zusammenleben von Menschen und Halbwesen, die in einem Finale gipfelt, das den Plan eines Spiegel-Halbwesens betrifft, alle Halbwesen glücklich zu machen.