Kyoto am Ende der Bakumatsu-Zeit. Die Mibu-Rōshi (Miburo), die mit Kiyokawa Hijikata eine starke Stütze verloren hatten, benannten sich unter der Führung von Isami Kondō in Shinsengumi um und starteten als Organisation zur Aufrechterhaltung der Ordnung im tobenden Kyoto neu. Unter ihnen befindet sich ein Junge mit weißen Haaren und blauen Augen, Chirinu Nio. Der gutherzige Nio, der in einem Dango-Laden aufwuchs, trat durch die Begegnung mit Toshizō Hijikata in die Miburo ein und ist als Inspektor tätig, mit dem eigenen Gerechtigkeitssinn, die Schwachen zu beschützen. Zusammen mit seinen gleichaltrigen Freunden, den sogenannten drei Wölfen – dem scharfzüngigen, die Schwertkunst perfektionierenden Hajime Saitō, sowie dem gerissenen, sarkastischen, aber im Kern verletzlichen Tarō Kiyokawa – eilen sie, die Schwerter schwingend, mitten durch ihre Jugend.

Der Weg der Shinsengumi war keineswegs friedlich. Die Truppe erließ strenge interne Gesetze und verstärkte die Disziplin, doch es gab auch solche, die dem Druck nicht standhielten und gingen. In dieser Zeit tauchte der mysteriöse Schwertkämpfer Izo Okada auf und tötete einen Truppenangehörigen. Die Konfrontation mit Izo fördert die verborgene Vergangenheit des stets lächelnden genialen Schwertkämpfers Sōji Okita zutage. Auch Heisuke Tōdō wird von Selbstvorwürfen wegen des Todes eines Kameraden geplagt, und das verdächtige Verhalten von Kenji Noguchi, einem der ehemaligen Fünf von Kiyokawa, tritt zutage. Noguchi wird wegen Veruntreuung von Truppengeldern zum Seppuku verurteilt, und dieser Vorfall wirft einen tiefen Schatten auf das Herz des Vizekommandeurs Keisuke Yamanami.

Bald darauf erhält die Shinsengumi den Auftrag, den Shōgun Iemochi Tokugawa bei seiner erneuten Reise nach Kyoto zu bewachen. Nach neuen Begegnungen und Aufgaben in Osaka nehmen die unruhigen Aktivitäten der gegen das Shogunat gerichteten Rōshi in Kyoto zu. Die Geschichte mündet in den als größtes Schlachtfeld der Shinsengumi geltenden Ikedaya-Vorfall, wo Nio und seine Freunde in einem erbitterten Kampf zwischen Ideal und Realität verwickelt werden. Die Zeit vergeht, und erschütternde Ereignisse wie Yamanamis Seppuku und der Tod von Shōgun Iemochi geschehen nacheinander. Nio, Hajime und Tarō wachsen zu siebzehnjährigen jungen Männern heran. In dieser Zeit kommt die Idee auf, die Goryō-eji als Abspaltung der Shinsengumi zu gründen, und die Truppenmitglieder stehen vor der Wahl, bei der Shinsengumi zu bleiben oder zu den Goryō-eji zu wechseln. Heisuke, der den kranken Okita besucht, trifft eine Entscheidung für seinen Freund, mit dem er seit Kindertagen zusammen war. Verwirrende Gefühle verflechten sich, und die jungen Männer werden, jede und jeder mit seiner eigenen Überzeugung im Herzen, auf einen Weg geführt.