Kazama Endo ist ein unbesiegter Highschool-Schläger, der nur dafür lebt, gegen die stärksten Gegner zu kämpfen, die er finden kann. Als zwei seiner Untergebenen von einem Jungen namens Ichiya Hachisuka verprügelt werden, spürt Endo ihn auf, bereit für eine Schlägerei. Zu seiner Überraschung ist Hachisuka kein gewöhnlicher Straßenkämpfer – er ist ein Ninja. Ihr Zusammenstoß endet in gegenseitigem Respekt, und die beiden verbinden sich schnell durch ihre gemeinsame Besessenheit von Stärke. Gemeinsam nehmen sie den Gipfel der verborgenen Ninja-Welt ins Visier: den Titel des Oniwaban, der Elite-Wächter des Ninja-Reichs.

Um dieses Ziel zu verfolgen, wechselt Endo zur Jinshin High School, einem Schlachtfeld, auf dem drei rivalisierende Ninja-Fraktionen – die Iga, die Koga und die Unabhängigen – ständig um die Vorherrschaft kämpfen. Sobald Endo ankommt, verbreitet sich das Gerücht, dass er das Blut des verbotenen Fuma-Clans in sich trägt, einer Linie, die lange als tabu galt. Jede Fraktion versucht sofort, ihn zu ihrem Vorteil zu rekrutieren. Endo jedoch hat kein Interesse daran, irgendjemandem zu dienen. Er beginnt, die Hierarchie der Schule mit roher Gewalt zu durchbrechen und zieht schnell eine loyale Anhängerschaft willensstarker Kämpfer an.

Endo trifft bald auf Sarutobi Rondoko, ein Wunderkind, das als der stärkste Zweitklässler an der Jinshin bekannt ist. Ihr Kampf endet unentschieden, nachdem Endo seine ererbte Technik, die Fuma-Shuriken-Faust, einsetzt. Anstatt Feinde zu bleiben, werden sie unwahrscheinliche Verbündete und teilen sich sogar eine Schale Ramen. Dieses Bündnis zieht den Zorn des von den Koga dominierten Schülerrats auf sich, der beginnt, Endo und seinen wachsenden Kreis ins Visier zu nehmen. Als Reaktion darauf bildet Endo eine informelle Armee namens Team Endo und versammelt eine Gruppe beeindruckender Ninja-Außenseiter und Abtrünniger.

Der Schülerrat reagiert, indem er einen rücksichtslosen Attentäter namens Seki entsendet, der keine Skrupel hat, unschuldige Zuschauer zu verletzen. Seki besiegt Hachisuka in einem brutalen Kampf und schickt ihn ins Krankenhaus. Wütend stellt Endo den Rat zur Rede, und ein umfassender Krieg bricht auf dem Schulgelände aus. Die Kämpfe sind erbittert und persönlich: Kirigakure kämpft gegen Mochizuki, um die Anerkennung zu erlangen, die er seit seiner Kindheit ersehnt; Doshima prallt auf Gara in einem verzweifelten Versuch, seinen eigenen Idealen gerecht zu werden; und Rondoko stellt sich Tobayashi, dessen Blutlinientechnik der Schwerkraftmanipulation nahezu unschlagbar erscheint.

Während der Konflikt eskaliert, bewegen sich dunklere Kräfte hinter den Kulissen. Der mysteriöse Kunisada organisiert ein Nin-Sen-Turnier, um einen neuen Oniwaban auszuwählen, aber es kommen Verdächtigungen auf, dass sein wahres Ziel darin besteht, die japanische Regierung zu stürzen. In der Zwischenzeit zieht Gara – während er den Fuma-Clan untersucht – unbeabsichtigt die Aufmerksamkeit von Fuma Kotaro auf sich, dem gefürchtetsten lebenden Ninja und einem Mann, dessen Macht fast alle anderen auf dem Spielfeld in den Schatten stellt. Gleichzeitig beginnen die Geheimnisse von Endos eigener Abstammung an die Oberfläche zu treten, und Zankuro, ein scharfsinniger Beobachter, beginnt, die Wahrheit über Endos Vergangenheit zusammenzusetzen. Diese zusammenlaufenden Fäden treiben die Geschichte auf eine Kollision zwischen dem Krieg des Schülerrats, dem politischen Kampf um die Kontrolle der Ninja-Welt und dem Schatten des Erbes des Fuma-Clans zu.