Hinter dem Donner des Zweiten Weltkriegs, des Krieges, der die gesamte Menschheit erschütterte, verbarg sich eine nie erzählte Geschichte. Diejenigen, die einen geliebten Menschen verloren und in den Abgrund der Verzweiflung stürzten, erwachten mit außergewöhnlichen Fähigkeiten – diese werden Rebellion genannt. Nach dem Angriff auf Pearl Harbor wird Genji Kurogane, ein japanischstämmiger Amerikaner, in einem US-Internierungslager festgehalten. Aus Angst vor seiner Macht der Unsterblichkeit wird er allein in einer Zelle eingesperrt. Eines Tages besucht ein Mann namens Grossman, ein Gesandter, der vorgibt, den Präsidenten zu vertreten, das Lager. Die Tragödie, die sich an diesem Tag ereignet, treibt Genji auf den Weg eines Rebellen – einer Rebellion.

Genji wird gefoltert und an den Rand des Todes gebracht, wo er vollständig als Rebellion mit einem Körper aus Stahl erwacht. Aber er kann die Macht nicht kontrollieren und bricht zusammen. Er wird von einer Gruppe von Rebellen unter der Führung von Nolan Jenkins gerettet, der den geheimen Krieg zwischen Rebellen erklärt, die im Schatten des globalen Konflikts operieren. Einige Rebellen, angeführt von einer Gestalt namens Gog, streben danach, die Menschheit auszulöschen und eine Welt der Rebellen zu schaffen. Andere, wie Jenkins, stellen dieses Ziel in Frage. Genji schwört, sich mit Jenkins zu verbünden, um seine eigene Rache an Grossman zu erreichen.

Die Geschichte bewegt sich über die Schlachtfelder des Krieges. In der Hölle der Belagerung von Stalingrad treffen Genji und seine Verbündeten auf einen sowjetischen Scharfschützen namens Volkov, dessen Fähigkeit es ihm erlaubt, die Flugbahn von Kugeln zu befehligen. Volkov ist mitten im Kampf erwacht, aber der Nazi-Propagandaminister Goebbels, selbst eine Rebellion mit der Macht, jeden zu manipulieren, der ihm zehn Sekunden lang zuhört, versucht, Volkov auf Gogs Seite zu ziehen. Die Konfrontation in Stalingrad endet damit, dass Volkovs Schicksal besiegelt ist, und die Rebellen ziehen weiter.

Ihr nächstes Ziel ist Guadalcanal, wo der verzweifelte japanische Soldat Yamato inmitten von Hunger und Terror eine neue Macht erweckt hat. Gog schickt die Attentäter Paul und Bat, um Yamato gefangen zu nehmen. Ein Dreifachkampf bricht zwischen Genjis Gruppe, Yamato und Gogs Agenten aus. Die letzte Konfrontation bringt Genji auf der Insel Auge in Auge mit seinem größten Feind, Grossman. Der Konflikt entscheidet nicht nur über den Ausgang des verborgenen Krieges unter den Rebellen, sondern auch über den Verlauf der menschlichen Geschichte selbst.