In einem verlassenen Dorf am Fuße des Berges Mitsukado lebt eine Gruppe von Göttern in menschlicher Gestalt. Diese Götter, darunter Ishi, der Steingott, Kiku, der Chrysanthemengott, Kura, der Speichergott, Yane, der Dachgott, und Ōsugi, der große Zedern-Gott, erfahren nun menschliche Gebrechen wie Hunger und das Bedürfnis nach Schlaf. Mononoke, oder Geister, besuchen das Dorf, um mit den Göttern Waren zu tauschen, während andere unheimliche Schatten im Wald lauern.

Die Geschichte folgt Ishi, der die Geheimnisse ihrer Existenz hinterfragt. Geplagt von Lücken in seiner Erinnerung und den seltsamen Ereignissen um ihn herum, fragt er sich, ob der Schlüssel zum Verständnis in seiner eigenen Vergangenheit liegt. Er beschließt, sein heiliges Gefäß, oder Yorishiro, zu besuchen, um nach Antworten zu suchen. Die Erzählung erforscht das zentrale Thema, ob etwas, das vergessen wird, vollständig aufhört zu existieren.

Als Ishi tiefer gräbt, weitet sich die Geschichte auf den benachbarten Berg Futatsukado aus, dessen Götter einst freundschaftliche Beziehungen zu den Göttern von Mitsukado pflegten. Diese Bindung wurde aus Gründen, an die sich niemand mehr vollständig erinnert, abgebrochen. Als die Götter von Futatsukado versuchen, den Kontakt wiederherzustellen, entsteht Misstrauen, insbesondere gegenüber Kiku, dessen Herkunft und wahre Natur Zweifel aufkommen lassen. Ishis fragmentierte Erinnerungen scheinen das Geheimnis hinter Kiku und den Grund zu bergen, warum die menschliche Bevölkerung aus Mitsukado verschwunden ist.

Die Geschichte verwebt die ruhigen, alltäglichen Routinen der Götter mit der langsam auftauchenden Wahrheit eines vergangenen Fehlers. Ishi erinnert sich schließlich daran, was er Kiku angetan hat und warum die Erinnerungen beider Berge verändert wurden. Die Geschichte endet, als die vollständigen Gründe für die Aufgabe des Dorfes, die angespannte Beziehung zwischen den beiden Bergen und die Natur der Götter selbst ans Licht kommen.