In einer Schule namens Pokémon-Gakuen besuchen Pokémon aller Art den Unterricht und erleben die Höhen und Tiefen des täglichen Schülerlebens. Die Serie folgt den komödiantischen Missgeschicken verschiedener Pokémon im Klassenzimmer – von Unterricht und Hausaufgaben über Ausflüge, Sportfeste und Schulaufführungen. Jeder vierteilige Gag-Strip ist weitgehend in sich abgeschlossen, wobei der Humor aus den Persönlichkeiten der Pokémon und ihren Interaktionen in einer Schulumgebung entsteht.

Der Manga ist in verschiedene Klassen unterteilt, die jeweils von einem Pokémon-Lehrer unterrichtet werden. Frühe Bände zeigen eine Klasse unter der Leitung von Floink, mit Schülern wie Serpifeu, Floink und Ottaro sowie Mitschülern wie Unratütox und Petznief. Der Schulleiter ist Garbodor. Spätere Bände führen neue Klassen ein, die sich auf Pokémon aus späteren Spielgenerationen konzentrieren: eine Klasse unter der Leitung von Silvarro (Fukusuro) mit Alola-Startern, eine Klasse unter der Leitung von Viscogon (Numerugon) mit Kalos-Pokémon, eine Klasse unter der Leitung von Riffex (Bachinkī) mit Galar-Startern und eine Klasse unter der Leitung von Pawmot (Pāmot) mit Paldea-Startern. Die Serie bietet somit eine wechselnde Besetzung beliebter Pokémon aus jeder Hauptspielregion, die alle in einem schulischen Umfeld platziert sind.

Es gibt keine übergreifende Handlung oder Charakterentwicklung; stattdessen basiert der Manga auf episodischem, verspieltem Humor, der sowohl das Schulleben als auch die Eigenschaften der gezeigten Pokémon auf die Schippe nimmt. Der Ton ist unbeschwert und zugänglich, gerichtet an Leser jeden Alters, die ihre Lieblingspokémon in albernen Alltagssituationen sehen möchten.