Im Jahr 2205 greift eine Organisation namens Zeit-Rückwärts-Armee die Vergangenheit an, um die Geschichte umzuschreiben. Um dieser Bedrohung zu begegnen, beauftragt die Zeitregierung die Saniwa – Personen mit der Fähigkeit, Geister in legendären Klingen zu erwecken – damit, historische Schwerter als Krieger namens Touken Danshi zu beleben. In einer bestimmten Zitadelle verliert eine Gruppe von fünfzehn Touken Danshi ihren Saniwa bei einem verheerenden Angriff der Zeit-Rückwärts-Armee. Ohne Meister treiben gelassen, verstecken die Krieger ihre Zitadelle in einem schwebenden Zustand, um weitere Angriffe zu vermeiden, und werden nur von Fragmenten eines Liedes aufrechterhalten, das ihr Meister hinterlassen hat. Als der Frühling kommt, wehren sie eine weitere Welle von Feinden ab und erhalten eine unerwartete Nachricht durch einen Botenfuchs namens Konnosuke: Die Zeitregierung hat ihnen eine geheime Mission namens Angriffsuntersuchung zugewiesen. Mit der Aufgabe, Verzerrungen in der Geschichte zu untersuchen, reisen die fünfzehn Schwertkämpfer in die Zeit der Streitenden Reiche, um ihre gefährliche Arbeit zu beginnen.

Die Krieger werden in fünf Einheiten zu je drei aufgeteilt. Die Erste Einheit wird von dem eleganten und jenseitigen Mikazuki Munechika angeführt, begleitet von dem rätselhaften Sengo Muramasa und dem ehrlichen, direkten Tonbokiri. Die Zweite Einheit wird von dem kultivierten Kasen Kanesada kommandiert, begleitet von dem beschützenden Ichigo Hitofuri und dem energiegeladenen Namazuo Tōshirō. Die Dritte Einheit wird von dem treu ergebenen Heshikiri Hasebe geleitet, zusammen mit der verfeinerten Tomoe Go und dem scharfsinnigen Yagen Tōshirō. Die Vierte Einheit wird von dem unberechenbaren Tsurumaru Kuninaga angeführt, begleitet von dem einsamen Ōkurikara und dem stilvollen Shokudaikiri Mitsutada. Die Fünfte Einheit, die für den ersten Einsatz in die Vergangenheit verantwortlich ist, wird von dem selbstbewussten Yamanbagiri Kunihiro geleitet, zusammen mit dem selbstsicheren Yamanbagiri Nagayoshi und einer mysteriösen Gestalt namens Omokage, einem Touken Danshi, der während der Untersuchung erscheint. Omokage trägt ein großes Schwert und besitzt die ungewöhnliche Fähigkeit, im Kampf Spiegelbilder von sich selbst zu erschaffen.

Als die fünf Einheiten durch zerbrochene Schlachtfelder vorrücken – und fünf falsche Geschichten aufdecken, die korrigiert werden müssen – erkennen sie, dass die Angriffsuntersuchung nicht nur eine Aufklärungsmission ist. Die Anweisung der Regierung scheint die Krieger als entbehrlich zu behandeln, bereit, sie zu opfern, um den richtigen Zeitverlauf wiederherzustellen. Während ihrer Kämpfe treffen sie auf eine schattenhafte Version von Omokage, bekannt als Schwarzer Omokage, ein fehlendes Fragment von Omokages Geist, das in einer früheren Schlacht zersplittert wurde. Schwarzer Omokage ist zum Meister einer Traumwelt geworden, nutzt die Erinnerung an den Tod einer historischen Figur als Grundlage für dieses Reich und hat sich mit der Zeit-Rückwärts-Armee verbündet. Als die Zitadelle selbst direkt angegriffen wird, unternehmen die Krieger einen entscheidenden Vorstoß in die Traumwelt, um die Bedrohung zu vernichten. Schwarzer Omokage versucht, sie in einer falschen Version von Edo zu fangen, aber die Krieger weigern sich, ihre Hoffnung auf Rückkehr in ihre Zitadelle aufzugeben. In der finalen Konfrontation absorbiert Omokage den Schwarzen Omokage wieder in sich und trennt die Traumwelt von der Realität, während er zurückbleibt, um ihre sichere Rückkehr zu gewährleisten. Die anderen fünfzehn Krieger kehren in ihre schwebende Zitadelle zurück, tragen sowohl die Last ihrer Mission als auch die schwache Hoffnung mit sich, dass ihr Meister eines Tages zurückkehren könnte.