Cynthia Rou ist eine winzige Auftragskillerin aus einer Familie von Mördern, die ein Doppelleben als Teilzeitstudentin führt und völlig kahlköpfig erscheint. Sie erhält fortlaufend Mordaufträge von einer Schattenorganisation und führt diese mit ihren ungewöhnlichen Fähigkeiten aus. Die Geschichte beginnt, als Cynthia mit zwei Freundinnen Haarwuchsmittel kauft und ein neuer Auftrag eingeht: Sie muss ein Ziel töten, dessen Leibwächter niemand anderes ist als ihr eigener früherer Meister, der sie drei Jahre zuvor ausgebildet hat. Diese Konfrontation bereitet die Bühne für eine Reihe gewalttätiger und unberechenbarer Kämpfe.

Der Manga folgt Cynthia und ihren Mit-Auftragskillern Araya Kuga und Kanae Takaya, während sie eine Welt voller bizarrer Kampfkünstler und grotesker Fähigkeiten durchqueren. Der Schauplatz wechselt zwischen verschiedenen Orten, von den Straßen Kowloons bis in die Vereinigten Staaten, wo ein bemerkenswerter Handlungsbogen ein Mädchen zeigt, das versucht, den US-Präsidenten zu ermorden, indem es Hakenkreuzbilder in ihren Augen verwendet, als Rache für den Iran-Krieg. Die Erzählung ist um eine Mischung aus eigenständigen Aufträgen und längeren Handlungsbögen strukturiert, die oft von übertriebenen Kampfszenen durchbrochen werden, die blutig, kreativ und unberechenbar sind. Ein großer Handlungsbogen widmet einen ganzen Band Rückblenden mitten in einer wichtigen Geschichte. Figuren wie die geheimnisvolle Hotaru Shimizu, die imposante Cybele Rou und die Meisterfigur Iko Tendou verleihen Tiefe und Konflikt, während die Serie schwarzen Humor mit Kampfsport-Chaos verbindet. Während ihres gesamten Verlaufs behält Cynthia the Mission den Fokus auf die Absurdität ihrer Prämisse, die Kameradschaft unter den Hauptfiguren und die ständige Bedrohung durch tödliche Befehle von oben.