In einer Welt, in der kleine, aus Pflanzen geborene Kreaturen namens Fairia als beliebte Haustiere gezüchtet werden, hat eine von seinen eigenen Eltern entwickelte Technologie Nao Saionji verbittert und zurückgezogen gemacht. Vor Jahren täuschte ihn seine Mutter, indem sie ihm vorgab, sein Haustier Fairia, Lupi, zu einer Untersuchung zu bringen – nur um die Kreatur in einem Experiment zu verwenden, das es tötete. Nao schwört, nie wieder ein Fairia zu halten, und entfernt sich von seiner Familie und seiner Umgebung.

Eines Tages hebt Nao eine weggeworfene Clematis-Blüte auf und bringt sie nach Hause. Aus ihr schlüpft ein winziges, unschuldiges Mädchen, das er Claire nennt. Anders als gewöhnliche Fairia ist Claire eine legendäre Fairial – ein Wesen, das seine Größe frei von erbsengroß bis zur ungefähren menschlichen Form ändern kann. Sie ist rein, liebevoll und fühlt sich unerklärlich zu Nao hingezogen, wodurch sie langsam die Mauern niederreißt, die er nach Lupis Tod errichtet hat. Allerdings sieht Naos Vater, ein führender Forscher, Claire als wissenschaftlichen Preis an und möchte sie zusammen mit Cattleya, der einzigen anderen bekannten Fairial, in der Forschungseinrichtung isolieren. Nao muss Claire beschützen, während er die Geheimnisse hinter den Fairials und den Fairia-Samen aufdeckt.

Die Geschichte folgt Nao, Claire und einem kleinen Freundeskreis: dem exzentrischen Feen-Enthusiasten Jun Yanagisawa, der Kleidung und Möbel für Claire entwirft; Mami Kuwahara, einer sanften Betreuerin, die ein sprechendes Fairia aufgezogen hat; und den Geschwistern Anderson, deren eigene komplizierte Geschichte mit Fairia Nao dazu zwingt, sich damit auseinanderzusetzen, was es bedeutet, für ein anderes Wesen zu sorgen. Durch Alltagsmomente und zunehmende Spannungen mit dem Forschungsinstitut öffnet Nao nach und nach sein Herz wieder und lernt, dass Vertrauen und Verbundenheit das Risiko wert sind, selbst wenn die Vergangenheit tiefe Narben hinterlassen hat.