In der antiken Stadt K-to, die Kyōto nachempfunden ist und nach außen hin friedlich wirkt, lauern im Verborgenen räuberische Kreaturen, bekannt als Yōma, die sich von Menschen ernähren und eine Reihe mysteriöser Todesfälle hinterlassen. Die Oberschülerin Miiko Kishida wird auf diese seltsamen Vorfälle aufmerksam und wird bald selbst in einem Zug von einem Yōma angegriffen. Sie wird von einem zurückgezogen lebenden Teenager namens Tokio Shimura gerettet, der ein ungewöhnliches linkes Auge besitzt. In diesem Auge wohnt ein mächtiger Großer Yōma namens Catoblepas, der Tokio die Fähigkeit verleiht, die Zeit anzuhalten, indem er mit allem, was er wählt, Blickkontakt aufnimmt. Diese Kraft birgt ein tödliches Risiko: Direkter Augenkontakt, der fünf Sekunden andauert, ist aufgrund des Giftes der Kreatur tödlich, und wenn Tokio die volle Stärke von Catoblepas nutzt, muss er seine Synchronisation mit ihm vertiefen, was riskiert, dass sein Körper übernommen wird.

Tokio ist das 21. Oberhaupt der Shimura-Familie, einer von vier alten Wächterfamilien, die gemeinsam als die K-to-Wächterfamilien bekannt sind. Seine Familie, die als Nördlicher Wächter bezeichnet wird, residiert im Genbu-Tempel, einem Bauwerk, das durch eine Barriere, die es verlassen erscheinen lässt, vor gewöhnlichen Blicken verborgen ist. Bei ihm lebt Hakutaku, ein kleiner, in Roben gekleideter Diener, dessen Gesicht von einem Talisman mit der Aufschrift „Hakutakuzu“ bedeckt ist. Hakutaku ist sehr bewandert in Yōma und Zauberei, kann Auto fahren und entpuppt sich später als die physische Manifestation der Barriere des Tempels selbst, die über immense verborgene Kräfte verfügt. Miiko, deren Haus neben dem Tempel steht, erfährt die Wahrheit über die übernatürliche Welt und beginnt, getrieben von Neugier und einer wagemutigen Persönlichkeit, sich in Tokios Kämpfe einzumischen.

Die Geschichte spielt in der gesamten Stadt K-to, wo die vier Wächterfamilien ein Netzwerk von Barrieren unterhalten, die die Aktivitäten der Yōma einschränken. Der Südliche Wächter ist die Hosomi-Familie, angeführt von dem hitzköpfigen und geschickten Suzuto Hosomi, einem 21-Jährigen, der einen vogelartigen Yōma namens Shinshu Kodori beherbergt, der ihm die Kontrolle über Flammen und Flugfähigkeit verleiht. Er betreibt ein Soba-Restaurant namens Suzaku-an und dient Tokio als rauer, aber zuverlässiger großer Bruder. Der Östliche Wächter ist die Kuramori-Familie, ein mächtiger Finanzkonzern, bekannt als Seiryu-kai. Das derzeitige Oberhaupt ist die Oberschülerin Michiru Kuramori, die den wasserkontrollierenden und heilenden Yōma Shakara-oh von ihrer Großmutter Tamaki erbt, einer beeindruckenden Älteren, die ihre Kampfkünste behält, nachdem sie ihre Macht weitergegeben hat. Der Westliche Wächter, die Byakko-Familie, wird erwähnt, tritt aber in der Geschichte nie direkt in Erscheinung.

Yōma werden in einem zehnstufigen Klassifikationssystem eingestuft, wobei niedrigere Zahlen auf größere Macht hinweisen. Ichii ist die höchste Klasse, gefolgt von den oberen Klassen Ni bis Shi, den mittleren Klassen Go bis Shichi, den unteren Klassen Hachi und Ku und der niedrigsten Klasse Juu. Die Hauptgegner sind die Vier Unholde – Toutetsu, Kyuuki, Toutotsu und Konton – mächtige Yōma der oberen Klasse, die dem obersten Dämon Tenma Hachijun dienen, der danach strebt, K-to und die ganze Welt in Dunkelheit zu stürzen. Tenma Hachijun hat Tokios älteren Bruder Tokito Shimura korrumpiert, der ursprünglich dazu bestimmt war, das Familienoberhaupt zu erben. Es wird angenommen, dass Tokito seine Eltern und alle Anwesenden bei seiner eigenen Nachfolgezeremonie abgeschlachtet hat, sich auf die Seite der Yōma geschlagen hat und zu einer zentralen Bedrohung geworden ist.

Im Verlauf der Geschichte stellen sich Tokio, Miiko, Suzuto, Michiru und Tamaki eskalierenden Angriffen der Vier Unholde, die ausgesandt werden, um die Wächteroberhäupter zu beseitigen. Jedes Mitglied der Wächterallianz kämpft gegen einen der Unholde, wobei Tokio allmählich lernt, die gefährlicheren Fähigkeiten von Catoblepas zu kontrollieren, einschließlich der Entfesselung seines Arms, um verheerende Schläge zu landen, um den Preis einer tieferen Besessenheit. Es wird schließlich enthüllt, dass die Vier Unholde tatsächlich bloße Klone sind, die von einem mächtigeren Yōma namens Shikyo erschaffen wurden, einer sichelschwingenden Gestalt, die die Form eines kleinen Jungen annimmt. Shikyo hatte sich in Kyuuki versteckt und taucht auf, um die Wächter direkt herauszufordern, wobei er nur an Gegnern interessiert ist, die die volle Kraft ihres Yōma entfesseln können.

Die Erzählung baut auf eine Konfrontation mit Shikyo hin, die Tokios Fähigkeit auf die Probe stellt, Catoblepas zu kontrollieren, ohne sich selbst zu verlieren. Hakutaku offenbart ebenfalls vorübergehend seine wahre Form, um den Kampf zu unterstützen. In der Zwischenzeit bleiben Tenma Hachijun und Tokito als drohende Bedrohungen im Hintergrund, deren Pläne für eine globale Übernahme bis zum Ende der Geschichte offen bleiben. Nach der Niederlage von Shikyo sichern die Wächterfamilien die Stadt vorerst, obwohl der größere Krieg gegen den obersten Dämon ungelöst bleibt. Die Serie endet damit, dass Tokio und seine Verbündeten durch ihre Prüfungen stärker geworden sind, die Bindungen zwischen den Wächtern gefestigt sind und die anhaltende Präsenz von Tenma Hachijun und Tokito darauf hindeutet, dass der Kampf um den Schutz von K-to noch lange nicht vorbei ist.