Im Jahr 1941, am Vorabend des Zweiten Weltkriegs, wird die begrabene dunkle Geschichte der Erde enthüllt, während mächtige Nationen um uralte Knochen kämpfen, die das Kräfteverhältnis verschieben könnten. Juzo, ein ehemaliger Elite-Spion der Nakano-Armeeschule, der in Ungnade gefallen ist und nun seine Tage opiumabhängig verbringt, wird von einem maskierten Mann angesprochen, der sich als Dante entpuppt, ein zweibeiniger Dinosaurier, der bis ins 20. Jahrhundert überlebt hat. Dante ist ein Oviraptor, Teil einer verborgenen Linie aufrecht gehender Dinosaurier, die heimlich mit der Menschheit koexistiert haben und durch geheime Organisationen agieren, die Weltgeschehnisse aus dem Schatten heraus geformt haben. Juzo und Dante gehen eine ungewöhnliche artübergreifende Partnerschaft ein und werden in einen Schattenkrieg zwischen rivalisierenden Dinosaurier-Geheimgesellschaften verwickelt. Auf der einen Seite stehen die Knights in the Shell, eine Verschwörergruppe, die die Selbstzerstörung der Menschheit durch permanente Kriegsführung orchestrieren will. Auf der anderen Seite steht das Castle of If, ein Widerstandsnetzwerk, das diese Auslöschung verhindern will. Juzo und Dante werden zu Agenten des Castle of If und operieren in der undurchsichtigen Welt der Spionage, die unter der Oberfläche der globalen Politik verläuft. Ihr zentrales Ziel dreht sich um das Peking-Mensch-Fossil, ein fehlendes Stück der evolutionären Vergangenheit der Menschheit, das im Kampf zwischen den Arten tiefere Bedeutung hat. Während sie Hinweisen quer durch China, Europa und den Nahen Osten folgen, sehen sich Juzo und Dante einer Reihe eskalierender Bedrohungen gegenüber: versteckte Labore, die an Kernfusionswaffen arbeiten, die Dinosaurier der Menschheit einst als Feuer schenkten, biologische Waffen, die an den Schwarzen Tod erinnern, und eine schattenhafte Figur namens Chen Long, die einen Dinosaurier-Aufstand anzetteln will. Die Partnerschaft zwingt sowohl Juzo als auch Dante, zu hinterfragen, wo wahre Loyalität liegt, da Dante sowohl ein potenzieller Retter als auch ein potenzieller Feind der Menschheit ist. Spätere Handlungsbögen sehen das Paar tief in feindliches Gebiet eindringen, um eine Weltuntergangswaffe zu stoppen, und schließlich nach China entsandt werden, um den kommunistischen Führer Ho Chi Minh vor einem unerbittlichen Attentäter namens Costello zu schützen. Als Juzo und Dante von zukünftigen Plänen erfahren, sowohl Mao Zedong als auch Ho Chi Minh zu ermorden, werden sie vor eine unmögliche moralische Entscheidung gestellt, die die Grenzen ihrer Bindung über die Arten hinweg auf die Probe stellt. Durchgehend verwebt die Erzählung reale historische Figuren und Ereignisse in eine Welt, in der der Kampf zwischen Dinosauriern und Primaten heimlich die Kriege und Entdeckungen des 20. Jahrhunderts antreibt.