"DARLING in the FRANXX (Manga)" ist eine Adaption des gleichnamigen Anime und spielt in einer dystopischen Zukunft, in der die Menschheit durch eine mysteriöse Bedrohung, die Klaxosaurier, an den Rand der Auslöschung getrieben wurde. Die verbliebenen Menschen leben in abgeschotteten Städten, den Plantagen, und sind auf die sogenannten Parasiten angewiesen, um die Klaxosaurier zu bekämpfen. Diese Parasiten sind jugendliche Piloten, die in Zweierteams riesige humanoide Roboter, die FRANXX, steuern. Die FRANXX werden von einem männlichen und einem weiblichen Piloten gemeinsam kontrolliert, wobei die weibliche Pilotin, die "Stamen", und der männliche Pilot, der "Pistil", eine symbiotische Beziehung eingehen müssen, um die Maschinen effektiv zu nutzen.

Die Handlung konzentriert sich auf Hiro, einen ehemals vielversprechenden Parasiten, der aufgrund seiner Unfähigkeit, sich mit einer Partnerin zu synchronisieren, als gescheitert gilt. Sein Leben ändert sich, als er Zero Two trifft, eine mysteriöse und unkonventionelle Pilotin, die als Hybrid aus Mensch und Klaxosaurier gilt und den Spitznamen "Partnerkiller" trägt, da ihre vorherigen männlichen Partner starben. Trotz der Risiken beschließen Hiro und Zero Two, gemeinsam zu kämpfen, und bilden ein ungewöhnliches, aber effektives Team. Ihre Beziehung entwickelt sich im Laufe der Geschichte von einer rein professionellen Partnerschaft zu einer tiefen emotionalen Bindung, die sowohl ihre persönlichen Konflikte als auch die größeren Geheimnisse ihrer Welt beeinflusst.

Die anderen Parasiten, die in der Plantage Mistilteinn stationiert sind, spielen ebenfalls eine wichtige Rolle. Dazu gehören Mitsuru und Kokoro, Goro und Ichigo, Zorome und Miku sowie Futoshi und Ikuno. Jedes Team hat seine eigenen Dynamiken und Herausforderungen, die ihre Beziehungen und ihre Fähigkeit, als Einheit zu fungieren, prägen. Die Charaktere müssen nicht nur gegen die äußere Bedrohung durch die Klaxosaurier kämpfen, sondern auch mit den inneren Konflikten und den strengen Regeln ihrer Gesellschaft, die ihre Identität und ihre Emotionen unterdrückt.

Im weiteren Verlauf der Handlung werden die wahren Absichten der Erwachsenen, die die Plantagen kontrollieren, sowie die Herkunft der Klaxosaurier und die Natur der FRANXX enthüllt. Die Parasiten beginnen, die Welt um sie herum zu hinterfragen, und stellen fest, dass ihre Existenz und ihr Kampf gegen die Klaxosaurier Teil eines größeren, komplexeren Plans sind. Die Geschichte erforscht Themen wie Identität, Freiheit, Liebe und die Bedeutung des Menschseins in einer Welt, die von Technologie und Konformität dominiert wird.

Die Handlung nimmt eine dramatische Wendung, als die Parasiten mit der Wahrheit über ihre Welt konfrontiert werden und sich entscheiden müssen, ob sie weiterhin als Werkzeuge der Erwachsenen dienen oder ihren eigenen Weg wählen wollen. Die Beziehung zwischen Hiro und Zero Two steht dabei im Mittelpunkt, da ihre Verbindung nicht nur ihre persönlichen Schicksale, sondern auch das Schicksal der gesamten Menschheit beeinflusst.