"Dennō Coil (Manga)" spielt in einer nahen Zukunft, in der Augmented Reality (AR) und virtuelle Technologien allgegenwärtig sind. Die Geschichte dreht sich um eine Gruppe von Kindern, die in der fiktiven Stadt Daikoku leben und mit ihren AR-Brillen, den sogenannten "Coils", die virtuelle Welt erkunden. Diese Technologie ermöglicht es den Nutzern, digitale Objekte und Wesen, sogenannte "Illegals", in der realen Welt zu sehen und mit ihnen zu interagieren. Die Grenzen zwischen Realität und Virtualität verschwimmen zunehmend.

Die Protagonistin Yūko Okonogi, genannt "Yasako", zieht mit ihrer Familie nach Daikoku und trifft dort auf eine Gruppe von Kindern, die sich selbst als "Coil-Truppe" bezeichnen. Diese Gruppe beschäftigt sich mit der Jagd auf Illegals und der Lösung von Rätseln, die mit der virtuellen Welt verbunden sind. Yasako schließt sich der Truppe an und lernt schnell die Gefahren und Geheimnisse der AR-Technologie kennen. Ein zentrales Element der Handlung ist die Suche nach einem mysteriösen digitalen Wesen namens "Densuke", das Yasakos verstorbenes Haustier ähnelt.

Im Laufe der Geschichte werden die Kinder mit einer Reihe von unerklärlichen Phänomenen konfrontiert, darunter die Existenz einer parallelen virtuellen Welt, die als "Metaverse" bezeichnet wird. Diese Welt scheint von einer geheimnisvollen Organisation kontrolliert zu werden, die die Grenzen zwischen Realität und Virtualität manipuliert. Die Kinder entdecken, dass die Illegals nicht nur harmlose digitale Kreaturen sind, sondern auch eine Bedrohung für die reale Welt darstellen können. Die Handlung vertieft sich in die moralischen und ethischen Fragen, die sich aus der Nutzung fortschrittlicher Technologien ergeben, und zeigt, wie die Kinder mit den Konsequenzen ihrer Handlungen umgehen.

Zu den Hauptfiguren gehören neben Yasako auch Fumie, die Anführerin der Coil-Truppe, und ihr Bruder Isako, der ein tiefes Verständnis für die Technologie besitzt. Weitere wichtige Charaktere sind Haraken, ein technisch versierter Junge, und Kanna, ein Mädchen mit einer besonderen Verbindung zu den Illegals. Jeder Charakter bringt eine einzigartige Perspektive in die Gruppe ein und trägt zur Lösung der Rätsel bei, die die virtuelle Welt umgeben.

Die Handlung entwickelt sich zu einer komplexen Erzählung, die sowohl die Abenteuer der Kinder als auch die tieferen Geheimnisse der AR-Technologie und ihrer Auswirkungen auf die Gesellschaft erforscht. Die Geschichte verbindet Elemente von Science-Fiction, Mystery und Coming-of-Age, während sie die Beziehungen zwischen den Charakteren und ihre individuellen Entwicklungen in den Vordergrund stellt.