"Yu-Gi-Oh! R" ist eine Manga-Serie, die als Spin-off der originalen "Yu-Gi-Oh!"-Reihe fungiert und von Akira Ito geschrieben und illustriert wurde. Die Handlung spielt nach den Ereignissen des originalen Mangas und konzentriert sich auf Yugi Mutou, den Protagonisten, der weiterhin das Millenniumspuzzle besitzt und von der Seele des alten Pharaos begleitet wird. Die Geschichte beginnt mit dem Auftauchen eines mysteriösen neuen Charakters namens Yako Tenma, der sich als ehemaliger Schüler von Seto Kaiba entpuppt. Yako ist besessen davon, Kaiba zu besiegen und dessen Ruf zu zerstören, und nutzt dafür eine gefährliche neue Form des Duellmonster-Spiels, das sogenannte "R.A.-Projekt".

Yako entführt Kaiba und zwingt Yugi, an einer Reihe von Duellen teilzunehmen, um ihn zu retten. Diese Duelle sind jedoch nicht nur gewöhnliche Spiele, sondern werden durch die Verwendung von "R.A.-Karten" manipuliert, die die Spieler in gefährliche Situationen bringen und ihre psychische sowie physische Gesundheit gefährden. Yugi und seine Freunde, darunter Jonouchi, Anzu und Honda, müssen sich diesen Herausforderungen stellen, während sie gleichzeitig versuchen, Kaibas Aufenthaltsort zu ermitteln.

Im Laufe der Serie wird enthüllt, dass Yako von einer noch mächtigeren Figur namens Tenma manipuliert wird, der ein persönliches Interesse an Yugi und dem Millenniumspuzzle hat. Tenma, der als Antagonist fungiert, hat eine dunkle Vergangenheit, die mit dem alten Ägypten und den Ursprüngen des Duellmonster-Spiels verbunden ist. Seine Pläne zielen darauf ab, die Macht des Pharaos zu nutzen, um seine eigenen Ziele zu erreichen, was zu einem finalen Konflikt zwischen ihm und Yugi führt.

Die Serie beinhaltet zahlreiche Duelle, die sowohl strategische Elemente als auch dramatische Wendungen aufweisen. Charaktere wie Kaiba und Yugi werden weiterentwickelt, wobei ihre Beziehung und ihr gegenseitiger Respekt im Mittelpunkt stehen. Die Handlung kombiniert Action, Spannung und mystische Elemente, die für die "Yu-Gi-Oh!"-Reihe typisch sind, und bietet gleichzeitig eine eigenständige Geschichte, die sich von der originalen Serie abhebt.