"Kingdom Hearts: Chain of Memories (Manga)" adaptiert die Handlung des gleichnamigen Videospiels und setzt die Geschichte nach den Ereignissen von "Kingdom Hearts" fort. Sora, der Protagonist, begibt sich zusammen mit seinen Freunden Donald und Goofy auf eine neue Reise, um seinen verschwundenen Freund Riku und König Mickey zu finden. Die Gruppe gelangt in die mysteriöse Burg des Vergessens, eine Struktur, die aus sich ständig verändernden Räumen besteht, die durch die Erinnerungen der Besucher geformt werden.

In der Burg trifft Sora auf die Organisation XIII, eine Gruppe von Nobodys, die versucht, seine Erinnerungen zu manipulieren, um ihre eigenen Ziele zu erreichen. Die Organisation nutzt die Kartenmechanik der Burg, um Sora in eine Reihe von Herausforderungen zu locken, bei denen er sich mit seinen eigenen Erinnerungen auseinandersetzen muss. Dabei begegnet er sowohl bekannten Gesichtern aus früheren Abenteuern als auch neuen Charakteren, darunter Naminé, eine junge Frau, die die Macht besitzt, Erinnerungen zu verändern.

Parallel dazu wird die Geschichte von Riku erzählt, der sich in den unteren Ebenen der Burg befindet. Riku kämpft gegen die Dunkelheit in sich selbst und versucht, den Einfluss von Ansem, dem Herrscher der Finsternis, abzuschütteln. Unterstützt wird er dabei von König Mickey und DiZ, einem mysteriösen Mann, der Riku hilft, seine innere Dunkelheit zu kontrollieren. Rikus Weg ist geprägt von Selbstreflexion und dem Versuch, seine Vergangenheit zu überwinden.

Die Handlung wechselt zwischen den Perspektiven von Sora und Riku, wobei beide Charaktere mit ihren eigenen inneren Konflikten und äußeren Herausforderungen konfrontiert werden. Sora verliert im Laufe der Geschichte nach und nach seine Erinnerungen, während Riku versucht, seine Identität zu bewahren und sich von der Dunkelheit zu befreien. Die Erzählung verbindet Action, emotionale Momente und die typischen Elemente der "Kingdom Hearts"-Reihe, wie die Verbindung von Disney- und Final-Fantasy-Charakteren.

Am Ende der Geschichte gelingt es Sora, die Burg des Vergessens zu verlassen, allerdings auf Kosten eines Großteils seiner Erinnerungen. Riku hingegen findet einen Weg, mit seiner Dunkelheit zu leben, und beschließt, weiter nach der Wahrheit zu suchen. Die Ereignisse in "Chain of Memories" legen den Grundstein für die Fortsetzung der "Kingdom Hearts"-Saga und vertiefen die Charakterentwicklung der Protagonisten.