"Disgaea 3: School of Devils (Manga)" spielt in der Netherworld Academy, einer Schule für Dämonen, in der Bosheit und Rebellion als Tugenden gelten. Der Protagonist Mao ist der Sohn des Overlords der Netherworld, doch er sieht sich selbst als Rebell gegen seinen Vater. Mao strebt danach, ein Held zu werden, der seinen Vater stürzt, und glaubt, dass er dies durch das Studium an der Akademie erreichen kann. Die Schule ist in zwei Gruppen unterteilt: die Ehrenschüler, die für ihre Bosheit und Stärke bewundert werden, und die Versager, die als schwach und unfähig gelten. Mao gehört zu den Versagern, was seinen Ehrgeiz nur noch weiter anheizt.

Im Laufe der Geschichte verbündet sich Mao mit anderen Schülern, darunter Almaz, ein menschlicher Held, der versehentlich in die Netherworld geraten ist, und Raspberyl, eine Schülerin, die sich für Umweltschutz und Freundlichkeit einsetzt – Eigenschaften, die in der dämonischen Welt als schwach angesehen werden. Gemeinsam nehmen sie an verschiedenen Herausforderungen und Prüfungen teil, die oft absurd und humorvoll dargestellt werden. Dabei geht es nicht nur darum, Stärke zu beweisen, sondern auch darum, die absurden Regeln und Hierarchien der Akademie zu hinterfragen.

Die Handlung ist geprägt von satirischen Elementen, die die typischen Klischees von Helden- und Schulgeschichten aufgreifen und ins Absurde treiben. Mao entwickelt sich im Laufe der Geschichte, indem er nicht nur seine eigenen Ziele verfolgt, sondern auch beginnt, die Werte seiner Mitstreiter zu verstehen. Die Dynamik zwischen den Charakteren und ihre unterschiedlichen Motivationen sorgen für eine Mischung aus Komödie, Action und gelegentlichen emotionalen Momenten. Die Netherworld Academy dient dabei als Kulisse für eine Reihe von skurrilen Ereignissen, die die Absurdität der dämonischen Welt und ihrer Regeln unterstreichen.