"Magic Knight Rayearth II" setzt die Geschichte der drei Protagonistinnen Hikaru, Umi und Fuu fort, die im ersten Teil der Serie zu Magic Knights wurden, um die Prinzessin Emeraude zu retten und die Welt Cephiro zu beschützen. Nachdem sie ihre Mission erfolgreich abgeschlossen haben, kehren die Mädchen in ihre eigene Welt zurück. Doch ihre Ruhe währt nicht lange, da sie erneut nach Cephiro gerufen werden. Die Welt befindet sich erneut in Gefahr, da das Gleichgewicht des Landes ohne einen Herrscher, der durch Glauben und Gebete stabilisiert wird, ins Wanken gerät.

In Cephiro angekommen, stellen die Magic Knights fest, dass die Welt von internen Konflikten und äußeren Bedrohungen heimgesucht wird. Verschiedene Länder, darunter Chizeta, Fahren und Autozam, versuchen, die Macht über Cephiro zu erlangen, da sie glauben, dass die Welt ohne einen stabilen Herrscher verwundbar ist. Jedes dieser Länder schickt seine eigenen Vertreter, um die Kontrolle zu übernehmen, was zu politischen Intrigen und Kämpfen führt.

Hikaru, Umi und Fuu müssen sich erneut ihren Herausforderungen stellen, während sie versuchen, das Schicksal Cephiros zu bestimmen. Dabei treffen sie auf neue Verbündete und Gegner, darunter die mysteriöse Lantis, der Bruder des früheren Ritters Zagato, sowie die Kriegerin Eagle Vision von Autozam. Die Magic Knights erfahren mehr über die komplexe Geschichte und die Regeln von Cephiro, insbesondere über das Konzept des "Pillars", der Person, die durch ihren Glauben die Welt stabilisiert.

Im Verlauf der Handlung wird deutlich, dass die Magic Knights selbst eine zentrale Rolle bei der Entscheidung über die Zukunft Cephiros spielen. Sie müssen nicht nur gegen äußere Feinde kämpfen, sondern auch ihre eigenen inneren Konflikte und Zweifel überwinden. Die Serie thematisiert Themen wie Verantwortung, Schicksal und die Macht des Glaubens, während die Protagonistinnen sich mit ihrer Rolle als Beschützerinnen einer fremden Welt auseinandersetzen.

Die Handlung gipfelt in einem finalen Konflikt, in dem die Magic Knights eine schwierige Entscheidung treffen müssen, um das Gleichgewicht in Cephiro wiederherzustellen. Dabei werden sie mit den Konsequenzen ihrer Handlungen konfrontiert und müssen lernen, mit den Herausforderungen umzugehen, die ihre Rolle als Magic Knights mit sich bringt.