"Kill la Kill (Manga)" ist eine Adaption des gleichnamigen Anime und spielt in einer dystopischen Welt, die von der autoritären Akademie Honnōji dominiert wird. Die Schüler dieser Akademie tragen spezielle Uniformen, sogenannte Goku-Uniformen, die ihnen übermenschliche Kräfte verleihen. Diese Uniformen werden von der Schulleitung kontrolliert und symbolisieren die hierarchische Struktur der Gesellschaft. Die Protagonistin, Ryūko Matoi, kommt nach Honnōji, um den Mörder ihres Vaters zu finden. Sie trägt dabei einen lebendigen, halbsentienten Kampfanzug namens Senketsu, der ihr immense Stärke verleiht, aber auch eine symbiotische Beziehung zu ihr eingeht.

Ryūkos Hauptgegnerin ist Satsuki Kiryūin, die charismatische und machthungrige Schülerratspräsidentin von Honnōji. Satsuki kontrolliert die Akademie mit eiserner Faust und trägt eine der mächtigsten Goku-Uniformen, Junketsu. Im Laufe der Geschichte wird deutlich, dass Satsuki und Ryūko durch familiäre Bindungen verbunden sind, was ihre Konflikte noch komplexer macht. Die Handlung enthüllt nach und nach die Machenschaften der Kiryūin-Familie, insbesondere von Satsukis Mutter, Ragyō Kiryūin, die hinter der Produktion der Goku-Uniformen und einer globalen Verschwörung steht.

Die Geschichte entwickelt sich zu einem epischen Kampf zwischen Ryūko und ihren Verbündeten gegen die Kiryūin-Familie und deren Organisation REVOCS, die die Welt durch die Kontrolle über die Uniformen unterdrücken will. Themen wie Rebellion, Identität und die Macht der individuellen Freiheit werden durch die Charaktere und ihre Entwicklungen erforscht. Ryūkos Kampf gegen Satsuki und später gegen Ragyō führt zu einer Konfrontation, die nicht nur ihre persönlichen Ziele, sondern auch das Schicksal der Welt betrifft. Die Handlung ist geprägt von intensiven Actionsequenzen, dramatischen Wendungen und einer Mischung aus Humor und Ernsthaftigkeit, die die Balance zwischen Unterhaltung und tiefgründiger Erzählung hält.