"Children who Chase Lost Voices from Deep Below" ist eine Manga-Adaption des gleichnamigen Anime-Films von Makoto Shinkai. Die Geschichte beginnt mit Asuna Watase, einem jungen Mädchen, das in einer ländlichen Gegend Japans lebt. Nach dem Tod ihres Vaters verbringt sie viel Zeit allein und entdeckt dabei ein geheimnisvolles Radio, mit dem sie seltsame Melodien empfängt. Diese Melodien stammen aus einer unbekannten Welt, die später als Agartha identifiziert wird, ein mythisches Reich unter der Erde.

Eines Tages trifft Asuna auf Shun, einen mysteriösen Jungen, der aus Agartha stammt. Shun rettet Asuna vor einer gefährlichen Kreatur, und die beiden entwickeln eine enge Bindung. Doch Shun verschwindet bald darauf unter mysteriösen Umständen. Asuna begibt sich auf eine Reise, um ihn zu finden, und trifft dabei auf ihren Lehrer, Mr. Morisaki, der ebenfalls ein persönliches Interesse an Agartha hat. Morisaki hofft, seine verstorbene Frau in dieser unterirdischen Welt wiederzufinden.

Gemeinsam reisen Asuna und Morisaki nach Agartha, eine Welt voller fantastischer Landschaften und gefährlicher Wesen. Dort treffen sie auf Shin, Shuns Zwillingsbruder, der ihnen hilft, die Geheimnisse dieser Welt zu entschlüsseln. Agartha ist ein Ort, in dem Leben und Tod eine andere Bedeutung haben, und die Grenzen zwischen den Welten verschwimmen. Die Charaktere müssen sich mit ihren eigenen Verlusten, Wünschen und Ängsten auseinandersetzen, während sie versuchen, die Regeln dieser fremden Welt zu verstehen.

Die Handlung erforscht Themen wie Trauer, Verlust und die Suche nach dem Sinn des Lebens. Asuna muss nicht nur die Geheimnisse von Agartha ergründen, sondern auch ihre eigene Rolle in dieser Reise verstehen. Die Geschichte endet mit einer bittersüßen Auflösung, in der die Charaktere ihre persönlichen Konflikte bewältigen und einen Weg finden, mit ihren Verlusten umzugehen.