"Yakitori: Soldiers of Misfortune" spielt in einer futuristischen Welt, in der die Menschheit den interstellaren Raum erobert hat und in Konflikt mit außerirdischen Zivilisationen geraten ist. Die Geschichte konzentriert sich auf eine Gruppe von Soldaten, die als "Yakitori" bezeichnet werden – eine abwertende Bezeichnung für Kanonenfutter oder entbehrliche Kämpfer. Diese Soldaten werden von der Erde in gefährliche Missionen geschickt, oft ohne Rücksicht auf ihr Überleben, um die Interessen der mächtigen Erdregierung zu schützen.

Der Protagonist, Akira Ihotsu, ist ein junger Mann, der aus schwierigen Verhältnissen stammt und sich freiwillig für den Militärdienst meldet, um seinem tristen Leben zu entkommen. Er wird in eine Einheit versetzt, die aus anderen Außenseitern und gescheiterten Individuen besteht. Zusammen bilden sie eine ungewöhnliche Truppe, die trotz ihrer Unterschiede gezwungen ist, als Team zu funktionieren. Die Handlung folgt ihren Einsätzen, bei denen sie gegen feindliche Außerirdische kämpfen und gleichzeitig mit den politischen Machenschaften der Erdregierung konfrontiert werden.

Die Charaktere sind vielfältig und repräsentieren verschiedene Aspekte der menschlichen Gesellschaft. Neben Akira gibt es unter anderem den zynischen Strategen, die toughe Kämpferin und den technisch begabten Außenseiter. Ihre Beziehungen zueinander entwickeln sich im Laufe der Serie, wobei Konflikte, Loyalitäten und persönliche Tragödien im Vordergrund stehen. Die Handlung thematisiert dabei auch ethische Fragen wie den Wert menschlichen Lebens, die Grausamkeit des Krieges und die Manipulation durch Machthaber.

Die Serie verbindet Action, Science-Fiction und politische Intrigen, wobei die Kämpfe im Weltraum und auf fremden Planeten einen zentralen Bestandteil der Handlung bilden. Die Yakitori-Einheit wird immer wieder in aussichtslose Situationen geworfen, die ihre Überlebensfähigkeit und ihren Zusammenhalt auf die Probe stellen. Gleichzeitig wird die Rolle der Erde als imperialistische Macht hinterfragt, die ihre eigenen Bürger opfert, um ihre Dominanz im Universum zu sichern.