Die zweite Staffel von "Bye Bye, Earth" setzt die Handlung der ersten Staffel fort und vertieft die Konflikte und Entwicklungen der Hauptfiguren. Die Serie spielt in einer postapokalyptischen Welt, in der die Menschheit nach einer globalen Katastrophe ums Überleben kämpft. Die Protagonistin, Belle Lablac, setzt ihre Reise fort, um die Wahrheit über ihre Herkunft und die mysteriösen Kräfte, die sie besitzt, zu entschlüsseln. Dabei stößt sie auf neue Verbündete und Gegner, die ihre Mission sowohl erschweren als auch vorantreiben.

Im Zentrum der Handlung steht die Suche nach den sogenannten "Schlüsseln der Schöpfung", mächtigen Artefakten, die die Macht besitzen, die Welt entweder zu retten oder endgültig zu zerstören. Belle wird dabei von ihrem treuen Begleiter, dem mechanischen Wesen Sōshi, unterstützt, das weiterhin eine zentrale Rolle in ihrem Kampf spielt. Gleichzeitig tauchen neue Charaktere auf, darunter der rätselhafte Wanderer Kael, der eigene Motive zu haben scheint, und die rebellische Anführerin einer Untergrundbewegung, Lina, die Belle in ihren Plänen beeinflusst.

Die zweite Staffel erkundet auch die politischen und sozialen Spannungen zwischen den überlebenden Gemeinschaften, die um Ressourcen und Macht kämpfen. Die Serie beleuchtet dabei die moralischen Dilemmata, mit denen die Charaktere konfrontiert sind, insbesondere in Bezug auf die Nutzung der "Schlüssel der Schöpfung". Die Handlung wird durch eine Reihe von Rückblenden ergänzt, die mehr über die Vergangenheit der Welt und die Ursprünge der Katastrophe enthüllen.

Die Beziehungen zwischen den Charakteren werden weiterentwickelt, wobei insbesondere die Dynamik zwischen Belle und Kael im Mittelpunkt steht. Ihre Interaktionen sind geprägt von Misstrauen, aber auch von einer wachsenden gegenseitigen Abhängigkeit. Gleichzeitig wird die Bedrohung durch die antagonistische Organisation "Eclipse" immer größer, die die "Schlüssel der Schöpfung" für ihre eigenen dunklen Ziele nutzen will.

Die Staffel endet mit einem dramatischen Cliffhanger, der neue Fragen aufwirft und den Weg für weitere Entwicklungen in der dritten Staffel ebnet. Die Handlung bleibt eng mit den Themen Identität, Verantwortung und die Konsequenzen von Macht verbunden, während die Charaktere weiterhin mit ihren inneren und äußeren Konflikten ringen.