Drei Mittelschülerinnen – Hikaru Shidou, Umi Ryuuzaki und Fuu Hououji – werden während einer Schulreise in eine dunkle und verödete Version von Tokio gezogen. Die Stadt liegt still und zerstört da, mit der unheilvollen Burg der magischen Welt Cephiro nun in ihrem Zentrum. Dies ist nicht das Cephiro der Legende, sondern ein korrumpiertes Reich, das unter dem Einfluss des bösen Hohepriesters Zagato in die Dimension der Erde eindringt. Die Mädchen werden als die legendären Magic Knights identifiziert, die dazu bestimmt sind, mächtige gottgleiche Wesen namens Mashin zu führen, um beide Welten vor der völligen Zerstörung zu retten. Doch das Trio wird sofort getrennt. Hikaru wird von der Eishäsin Alcyone konfrontiert, wird aber von einem mysteriösen jungen Mann namens Lantis gerettet, der sie in einem magischen Labyrinth einschließt, um ihren Wert zu prüfen. Währenddessen fliehen Umi und Fuu durch die leeren Straßen Tokios, gejagt von Cephiros Hexenmeistern, und müssen ihre eigenen Mashin erwecken, wenn sie überleben wollen.

Die Geschichte entfaltet sich in einer verdichteten, doch emotionalen Erzählung, die die ursprüngliche Magic Knight Rayearth-Saga neu interpretiert. Anders als in der Fernsehserie platziert diese alternative Nacherzählung die Heldinnen in einer postapokalyptischen Version ihrer eigenen Welt und zwingt sie, sich ihrem Schicksal ohne die Führung von Prinzessin Emeraude zu stellen. Während Hikaru sich durch Lantis’ Labyrinth kämpft, um ihre Kraft zu beweisen, kämpfen Umi und Fuu mit Angst und Isolation und schließen schließlich Verträge mit ihren eigenen kolossalen Kriegern. Die Handlung steuert auf eine finale Konfrontation mit Zagatos Streitkräften zu, die in einer tragischen Enthüllung über Prinzessin Emeraude gipfelt, deren unausgesprochener Wunsch und Opfer im Herzen von Cephiros Zusammenbruch liegen.

Zu den Hauptcharakteren gehören die temperamentvolle und mutige Hikaru Shidou, die disziplinierte und kultivierte Umi Ryuuzaki und die sanfte, aber intelligente Fuu Hououji. Wichtige Figuren aus Cephiro sind der zerrissene Ritter Lantis, die rachsüchtige Alcyone und das mysteriöse Schöpferwesen Mokona. Diese Sonderedition, neu bearbeitet von Chefregisseur Toshihiro Hirano, komprimiert die 1997 veröffentlichte dreiteilige OVA-Serie zu einem einzigen fünfundsiebzigminütigen Film. Sie enthält etwa fünf Minuten neue animierte Szenen und neu aufgenommene Dialoge, um der restrukturierten Geschichte gerecht zu werden, mit einem besonderen erzählerischen Fokus auf den Charakter Eagle, der seine verborgenen wahren Absichten offenbart.