Nachdem sein legendärer Kampf gegen seinen Vater Yujiro Hanma unentschieden endet, befinden sich Baki Hanma und die anderen Kämpfer der Untergrundarena in einem Zustand ruheloser Langeweile, da es keine würdigen Gegner mehr gibt, die ihre Stärke herausfordern könnten. Diese Stagnation wird von Mitsunari Tokugawa unterbrochen, der tief unter der Erde ein beispielloses wissenschaftliches Experiment überwacht: die erfolgreiche Wiederbelebung von Miyamoto Musashi, dem legendären Schwertkämpfer der Edo-Zeit, durch Klonen und spirituelle Techniken. Der wiederbelebte Musashi, der das Aussehen, die Erinnerungen und die tödlichen Kampfinstinkte der historischen Figur besitzt, erweist sich schnell als Anomalie aus einer anderen Ära. Er hat Schwierigkeiten, sich in das moderne Japan zu integrieren, und hält an alten Idealen fest, bei denen ein Duell eine Frage von Leben und Tod ist – eine Philosophie, die heftig mit der Gegenwart kollidiert. Der zentrale Konflikt entflammt, als dieser unvergleichliche Samurai, der echte Klingen führt, seine Stärke gegen die stärksten Kämpfer der Moderne testen will.

Die Erzählung folgt einer Reihe eskalierender Konfrontationen, während Musashi sich einen Weg durch die Reihe ikonischer Kampfkünstler bahnt. Einer der ersten, der sich ihm stellt, ist der Karate-Meister Doppo Orochi, der verlangt, dass Musashi ein echtes Schwert verwendet, was zu einer brutalen Begegnung mit der Gotteshand führt. Ihm folgen der Jujutsu-Meister Goki Shibukawa und schließlich der Yakuza-Boss Kaoru Hanayama. Ein bedeutender Handlungsbogen zeigt den chinesischen Kenpo-Meister Kaioh Retsu, der unter dem Meereskaiser Kaku ein intensives Training absolviert, um eine geheime Technik namens Xiaoli zu meistern, die speziell gegen den Schwertkämpfer entwickelt wurde. Ihr Kampf endet in einem verheerend brutalen Todesmatch mit tragischen Folgen für Retsu. Als Musashi seine übernatürlichen Fähigkeiten demonstriert, darunter einen psychischen Schwertschlag namens Nachahmungsschnitt, zieht er die Aufmerksamkeit der gefährlichsten Kreatur des Planeten auf sich: Yujiro Hanma. Ihr Aufeinandertreffen dient als Höhepunkt des ersten großen Handlungsbogens, wobei Musashis ultimative Technik gegen die realitätsverankerte Kraft von Bakis Vater wirkungslos bleibt, was den Samurai mit einem beschädigten Ego und einer noch gefährlicheren Einstellung für die kommenden Kämpfe zurücklässt. Die Staffel führt auch die mögliche Rückkehr des prähistorischen Kämpfers Pickle ein und bereitet so den Boden für zukünftige Konflikte.

BAKI-DOU: Der unbesiegbare Samurai spielt im heutigen Tokio, hauptsächlich innerhalb der blutgetränkten Mauern von Tokugawas Untergrundarena, einem Ort, an dem Kämpfe ohne Regeln stattfinden und das Ziel einfach darin besteht, zu beweisen, wer der Stärkste ist. Die Besetzung wird angeführt von Baki Hanma, dem Champion, dessen einzigartiger Mixed-Martial-Arts-Stil und die Fähigkeit, einen imaginären Gegner für Schattenboxen zu beschwören, ihn nahezu unbesiegbar gemacht haben, obwohl seine Suche nach einem Lebenszweck die Handlung vorantreibt. Der Antagonist, Musashi Miyamoto, dient als ultimativer Kontrast zu den anderen Kämpfern, da er der Einzige ist, der sich auf eine Waffe verlässt, insbesondere den Zwei-Schwerter-Stil Niten Ichi-ryū, den er zu Lebzeiten erschuf. Die Geschichte untersucht die Kollision zwischen modernem waffenlosem Kampf und den tödlichen, waffenbasierten Techniken des feudalen Japans und beleuchtet, wie die stärksten Krieger von heute mit einer Bedrohung umgehen, die ohne Rücksicht auf die Regeln des Sports oder den Wert des modernen Lebens kämpft.