Nachdem er seinen Vater, Yujiro Hanma, in der größten Vater-Sohn-Schlacht der Erde besiegt hat, befindet sich Baki Hanma in einem Zustand ruheloser Langeweile. Nachdem er sich gegen die gefährlichsten Kreaturen des Planeten bewiesen hat, gähnt er sich nun durch Kämpfe in der Untergrundarena, da kein Gegner ihm eine echte Herausforderung bieten kann. Seine Mitstreiter aus den Kampfkünsten teilen diese lustlose Leere und absolvieren ihr Training ohne das frühere Feuer.

Die Lösung für diese existenzielle Sackgasse kommt auf die bizarrste vorstellbare Weise. Mitsunari Tokugawa, der wohlhabende Gönner der Untergrundarena, finanziert ein geheimes Experiment tief unter dem Tokyo Skytree. Mit fortschrittlicher Klontechnologie und einem von seiner Schwester Sabuko durchgeführten spirituellen Ritual gelingt es Tokugawa, Miyamoto Musashi, den legendärsten Schwertkämpfer der japanischen Geschichte, wiederzubeleben. Dieser unvergleichliche Samurai aus der Edo-Zeit wird mit einem einzigen Ziel wieder zum Leben erweckt: seine Stärke gegen die stärksten Krieger der modernen Ära zu testen.

Musashi ist nicht nur eine historische Kuriosität; er ist eine echte und furchterregende Bedrohung. Mit seinem charakteristischen Zwei-Schwert-Stil, Niten Ichi-ryu, verfügt er über übermenschliche Geschwindigkeit und eine einzigartige Fähigkeit, bekannt als der Imitationsschnitt – ein psychischer Schwertschlag, der ohne physische Klinge schneiden kann. Gefährlicher als seine Technik ist seine Philosophie. Musashi hält an den alten Idealen der Ehre und des Duells bis zum Tod fest, einem brutalen Kodex, der heftig mit der relativ friedlichen Gegenwart kollidiert. Seine Ankunft stellt die Regeln der Untergrundarena auf den Kopf, wo der Einsatz von Waffen nun gegen diesen Meisterschwertkämpfer erlaubt ist.

Die Serie folgt einem dramatischen Bogen, während Musashi systematisch die stärksten Kämpfer in Tokio herausfordert. Einer nach dem anderen treten Legenden an, um sich ihm zu stellen. Doppo Orochi, der Gott des Karate, testet seine Fäuste gegen Musashis Stahl. Goki Shibukawa versucht, mit der Weichheit seiner Aiki-Technik die verheerenden Schläge des Samurais umzulenken. Die bedeutendste frühe Konfrontation findet statt, als Sea King Retsu, ein Meister des chinesischen Kenpo, Musashi in einem brutalen Todeskampf gegenübersteht, der beide Kämpfer an ihre absoluten Grenzen bringt und in einer schockierenden Tragödie endet. Während dieser Kämpfe hat Musashi Schwierigkeiten, sich an die moderne Gesellschaft anzupassen, und reagiert auf ungewohnte Situationen oft mit tödlicher Gewalt, wie etwa bei einer blutigen Begegnung mit Polizisten, die Regisseur Toshiki Hirano als Horrorsequenz beschreibt.

Der erste Teil der Serie steuert auf den unvermeidlichen Zusammenstoß zwischen dem wiederbelebten Samurai und den beiden Säulen der Hanma-Familie zu. Baki, dessen Kampfgeist durch die Herausforderung neu entfacht wird, tritt vor, um sich Musashi zu stellen, und entfesselt seine schnellsten Schläge, nur um festzustellen, dass der Schwertkämpfer schneller ist. Doch es ist Yujiro Hanma, die stärkste Kreatur der Erde, der die ultimative Prüfung darstellt. In einem hoch erwarteten Showdown zeigt Musashis psychischer Schwertschlag keine Wirkung auf Yujiro, der fest in der Realität des Moments verankert ist. Obwohl kein offizieller Sieger erklärt wird, hinterlässt Yujiros Dominanz Musashi mit einem beschädigten Ego und bereitet die Bühne für einen gefährlicheren und fokussierteren Antagonisten im zweiten Teil. Das Finale deutet auch die Rückkehr von Pickle an, einem urzeitlichen Urzeitkämpfer, der bereit ist, sich Musashi in einem Kampf zwischen zwei Kriegern zu stellen, die außerhalb ihrer ursprünglichen Zeitepochen leben.