Die OVA "Baki-Dou" setzt die Geschichte des Kampfsportlers Baki Hanma fort, der bereits in früheren Serien als einer der stärksten Kämpfer der Welt etabliert wurde. Die Handlung konzentriert sich auf ein neues Kapitel in Bakis Leben, in dem er sich erneut mit außergewöhnlichen Gegnern messen muss. Nachdem Baki seinen Vater, Yujiro Hanma, den stärksten Mann der Welt, besiegt hat, sucht er nach neuen Herausforderungen, um seine Fähigkeiten weiter zu testen.

Ein zentrales Element der Handlung ist das Auftauchen eines mysteriösen Samurai namens Musashi Miyamoto, der durch eine wissenschaftliche Experimente wieder zum Leben erweckt wird. Musashi, ein legendärer Schwertkämpfer aus der japanischen Geschichte, stellt eine einzigartige Bedrohung dar, da er nicht nur über überragende Kampffertigkeiten verfügt, sondern auch eine rücksichtslose und brutale Kampfweise an den Tag legt. Seine Ankunft sorgt für Unruhe in der Kampfsportwelt, da er sowohl Freunde als auch Feinde Bakis herausfordert und dabei oft tödliche Konsequenzen hinterlässt.

Baki und seine Verbündeten, darunter bekannte Charaktere wie Doppo Orochi, Retsu Kaioh und Katsumi Orochi, müssen sich mit Musashis unberechenbarem Verhalten auseinandersetzen. Die Konflikte zwischen den Kämpfern sind geprägt von intensiven und oft grausamen Auseinandersetzungen, die die Grenzen zwischen Sport und Überlebenskampf verschwimmen lassen. Musashis Ziel ist es, die stärksten Gegner zu finden und zu besiegen, unabhängig davon, ob sie mit oder ohne Waffen kämpfen.

Die OVA beleuchtet auch die persönlichen Motivationen der Charaktere. Baki strebt danach, seine Grenzen zu überwinden und sich selbst zu beweisen, während Musashi von einem tiefen Verlangen getrieben wird, seine legendären Fähigkeiten in der modernen Welt unter Beweis zu stellen. Die Dynamik zwischen den Charakteren ist komplex, da alte Rivalitäten und neue Allianzen entstehen, um der Bedrohung durch Musashi zu begegnen.

Die Handlung ist geprägt von einer Mischung aus actionreichen Kampfszenen und tiefergehenden Charakterstudien, die die psychologischen Aspekte des Kampfsports und die moralischen Dilemmata der Protagonisten beleuchten. Die OVA bleibt dabei dem Stil der vorherigen Serien treu, indem sie brutale Kämpfe und philosophische Untertöne miteinander verbindet, ohne dabei die Spannung oder die emotionale Tiefe zu vernachlässigen.