Nach der Niederlage von Kaiser Banba und dem Zusammenbruch des Neo-Human-Imperiums sieht sich der psionische Superheld Inazuman einer neuen und noch gefährlicheren Bedrohung gegenüber. Der Student Goro Watari, der sich zunächst in die puppenartige Sanagiman und dann in den ausgewachsenen, mottenähnlichen Inazuman verwandelt, stellt fest, dass das Machtvakuum, das Banba hinterlassen hat, von der Despar-Armee gefüllt wurde. Diese skrupellose Organisation böser Roboter wird vom diktatorischen Führer Geisel und seinen Elitekriegern, den Udespar-Geschwistern, angeführt, die die Fähigkeit besitzen, sich zu einem einzigen mächtigen Kämpfer zu vereinen.

Während Inazuman darum kämpft, seine nach dem vorherigen Konflikt erschöpfte Energie wiederherzustellen, sieht er sich unterlegen und zum Rückzug gezwungen. In diesem verletzlichen Moment wird er von Arai Makoto gerettet, einem zynischen Interpol-Agenten, der ebenfalls ein Cyborg ist. Makoto bringt Goro zu einem geheimen unterirdischen Versteck, wo die beiden ein unbehagliches Bündnis schließen, um den Kampf gegen diesen neuen Feind fortzusetzen. Die Despar-Armee erweist sich als ein berechnenderer und brutalerer Gegner als das Neo-Human-Imperium und setzt Strategien wie Überflutungsoperationen, Raketenangriffe und psychologische Kriegsführung ein. Goro muss sich dieser dunkleren Realität anpassen und sich nicht nur auf seinen charakteristischen Verwandlungsschal und sein telepathisches Flugauto Raijingo verlassen, sondern auch auf neue blitzbasierte Fähigkeiten, um dem robotischen Ansturm zu begegnen. Die Handlung folgt diesem verzweifelten Kampf, während Inazuman gegen Geisels technologische Kriegsführung an seine Grenzen gebracht wird, was in einer finalen Konfrontation gipfelt, die das Schicksal der Menschheit bestimmt. Der Ton dieses Kapitels ist deutlich ernster und düsterer als in der vorherigen Serie, mit höheren Einsätzen und einem stärkeren Fokus auf die Isolation des Helden und die Kosten seiner Kämpfe.