Tadayasu Sawaki, ein Erstsemester an einer landwirtschaftlichen Universität in Tokio, besitzt eine eigenartige und mächtige Gabe. Als Erbe einer Familie, die Koji-Schimmelstarter produziert, kann er Mikroorganismen und Bakterien mit bloßem Auge sehen und mit ihnen kommunizieren, wobei er sie als niedliche, geschwätzige, animierte Wesen wahrnimmt. Er schreibt sich an dieser einzigartigen Universität zusammen mit seiner Kindheitsfreundin Kei Yuki ein, deren Familie eine Sake-Brauerei betreibt, doch bald stellt er fest, dass sein Geheimnis nicht ganz sicher ist.

Professor Keizo Itsuki, ein exzentrischer, von Fermentation besessener Älterer, weiß bereits durch Sawakis Großvater von dessen Fähigkeit und wirbt ihn eifrig für sein Labor an. Ihm assistiert die brillante, aber unberechenbare Postdoktorandin Haruka Hasegawa, eine wohlhabende, scharfzüngige Frau, die Sawakis Kraft zunächst anzweifelt, aber für ihre Forschung darauf angewiesen ist. Das Labor wird zum Zentrum einer seltsamen Ansammlung von Studenten, darunter Hazuki Oikawa, ein Keimphobiker, der ständig Desinfektionsmittel bei sich trägt; Aoi Muto, die schöne, aber problembeladene Präsidentin des UFO-Clubs; und die intrigierenden Sophomores Kaoru Misato und Takuma Kawahama, die versuchen, Sawakis Fähigkeiten zu nutzen, um illegalen Sake auf dem Campus zu brauen und zu verkaufen.

Im Laufe des Semesters nutzt Sawaki seine Fähigkeit, um dem Labor bei verschiedenen Fermentationsprojekten und Schulveranstaltungen zu helfen, von der Identifizierung verdorbener Zutaten bis zur Rettung von Klassenkameraden vor Lebensmittelvergiftungen. Ein größerer Handlungsbogen entfaltet sich, als das Labor entdeckt, dass Haruka Hasegawa ihrem übermächtigen Vater ein Versprechen gegeben hat: Sie wird die Universität verlassen und in eine arrangierte Ehe eintreten. Unwillens, sie zu verlieren, schließen sich Professor Itsuki und die gesamte Laborgruppe zusammen, um sie zu überzeugen zu bleiben, und nutzen die volle, chaotische Unterstützung der landwirtschaftlichen Universität, um für ihre Freiheit zu kämpfen. In einer klimaktischen Entscheidung muss Hasegawa zwischen den Verpflichtungen ihrer Familie und ihrer Leidenschaft für die Arbeit und die Menschen, die sie an der Agri U lieben gelernt hat, wählen. Die Serie adaptiert auch eine kontroverse Nebenhandlung, die einen starken Aphrodisiakum betrifft, den der Professor erschaffen hat und das zu surrealen und komplizierten Situationen unter den Studenten während des Schulfestes führt. Während dieser Ereignisse hat Sawaki auch mit der Rückkehr seines vermissten Freundes Kei zu kämpfen, der wieder auftaucht, in Gothic-Lolita-Kleidung gekleidet ist und tiefere persönliche Gefühle für Sawaki hegt, was die Dynamik der Gruppe weiter verkompliziert.