Fünf Jahre nach dem tragischen Ende des Tokyo-Babylon-Mangas setzt der junge Anführer des Sumeragi-Onmyoji-Clans, Subaru Sumeragi, seine Arbeit fort, die Menschen Tokios vor übernatürlichen Bedrohungen zu schützen. Noch immer gezeichnet von den emotionalen Narben durch den Tod seiner Zwillingsschwester Hokuto, die durch den rätselhaften Attentäter Seishiro Sakurazuka ums Leben kam, ermittelt Subaru nun in einem verstörenden neuen Fall. Ein Mann namens Kaneyama, ein ehemaliger Feind des Sumeragi-Clans, wurde tot aufgefunden. Vor seinem Tod hatte Kaneyama sieben Teenager-Mädchen versammelt und ihnen die Geheimnisse der schwarzen Magie beigebracht, wobei er sie überzeugte, die „Auserwählten Sieben“ mit einer Schicksalsbestimmung zum Weltuntergang zu sein. Unter seiner Anleitung begannen die Mädchen, ihre neu gewonnenen Kräfte zu nutzen, um Rache an jedem zu nehmen, den sie für schuldig halten, beginnend mit einem missbräuchlichen Lehrer. Eines der Mädchen, Kurumi, beginnt, Reue für ihre Taten zu empfinden, doch die anderen drängen sie, ihre Pläne fortzusetzen.

Während Subaru versucht, einzugreifen und die Mädchen davon abzuhalten, sich selbst mit Magie zu zerstören, die sie nicht kontrollieren können, entdeckt er die Wahrheit über Kaneyamas Tod. Der Mörder ist kein anderer als Seishiro Sakurazuka, der Sakurazukamori-Attentäter, der Hokuto ermordete und eine tiefe, schmerzhafte Geschichte mit Subaru teilt. Nachdem er Kaneyama beseitigt hat, hat Seishiro nun keine weitere Verwendung für die Mädchen und betrachtet sie als lose Enden, die beseitigt werden müssen. Die sieben jungen Magie-Anwenderinnen, die unter schweren Nebenwirkungen ihrer eigenen Zaubersprüche leiden, sehen Subaru als ihren Feind an und greifen ihn an. Subaru findet sich in der Zwickmühle wieder, zwischen dem Versuch, die Mädchen vor ihrer eigenen zerstörerischen Kraft zu retten, und der Konfrontation mit Seishiro, der kalt erklärt, dass keine von ihnen gerettet werden kann.

Die Spannung zwischen den beiden mächtigen Onmyoji, von denen einer geschworen hat, das Leben zu schützen, und der andere ein emotionsloser Killer ist, entlädt sich schließlich in einem magischen Duell. Als Subaru an seine Grenzen gebracht wird und fast seiner lange unterdrückten Wut und seinem Rachedurst gegenüber dem Mann nachgibt, der seine Schwester tötete, stoppt ein übernatürliches Ereignis die Schlacht. Der Geist von Hokuto Sumeragi manifestiert sich kurz und spricht durch den Körper des reuigen Mädchens Kurumi. Hokuto fleht sowohl Subaru als auch Seishiro an, ihretwegen den Kampf einzustellen. Durch ihren Eingriff bewegt, zieht sich Seishiro aus der Konfrontation zurück, lässt Subaru am Leben und ihren Konflikt ungelöst. Im Nachhinein bleibt Subaru zurück, um über die Begegnung nachzudenken, immer noch verfolgt von seiner Vergangenheit und seiner ungelösten, verstrickten Bindung an den Attentäter, der weiterhin auf freiem Fuß ist.