Die Tokyo Metropolitan Cromartie High School ist ein legendärer Ort, eine Sammelstelle für so berüchtigte Straftäter, dass sie sechsmal zerstört und wieder aufgebaut wurde. Der Film beginnt mit einer mockumentary-artigen Zusammenfassung dieser chaotischen Geschichte, bevor er Takashi Kamiyama vorstellt, einen sanftmütigen und akademisch begabten Schüler, der sich an der Cromartie einschreibt, um bei seinem einzigen Freund aus der Mittelschule zu sein. Sein Freund besteht jedoch die lächerlich einfache Aufnahmeprüfung nicht, sodass Kamiyama die Schule alleine bewältigen muss. Aufgrund seiner unerschütterlichen Ruhe in einem Umfeld puren Chaos wird er sofort von allen als der härteste Schüler der Schule angesehen.

Während Kamiyama versucht, sein erstes Jahr zu überstehen, freundet er sich mit einem kleinen Kreis bizarrer Klassenkameraden an. Dazu gehören Shinjiro Hayashida, ein freundlicher Straftäter mit einer falschen lila Mohawk-Frisur; Akira Maeda, ein selbsternannter unbesiegter Kämpfer, der ständig ignoriert wird; und ein Schüler namens Mechazawa, der eindeutig ein Roboter ist, obwohl niemand, auch er selbst nicht, dies jemals erwähnt. Die Schülerschaft wird vervollständigt durch einen stummen, schnurrbärtigen Schüler, der genau wie Freddie Mercury aussieht und auf einem riesigen Pferd namens Black Dragon reitet, sowie durch einen Gorilla, der schlauer ist als die meisten Menschen.

Die Erzählung wendet sich, als ein reicher Wechselschüler, Takeshi Hokuto, ankommt und plant, mit seinem Reichtum die Schule zu übernehmen. Seine Pläne werden jedoch größtenteils von den anderen Schülern ignoriert. Der wahre Konflikt entsteht, als eine Gruppe von Weltraumaffen, die den Schurken aus der Tokusatsu-Serie Spectreman von 1971 ähneln, auf der Erde ankommen und planen, die Schüler der Cromartie zu willenlosen Sklaven für die Weltherrschaft zu machen. Als Reaktion organisiert Kamiyama seine Freunde zu einer improvisierten Global Defense Force, was zu einer klimatischen Schlacht führt, die Science-Fiction-Filme, Martial-Arts-Epen und Highschool-Sportdramen parodiert. Der Film endet nicht mit einem traditionellen Sieg, sondern mit einer Rückkehr zum absurden Status quo, in dem der Schulgeist wiederhergestellt wird und das surreale tägliche Leben der Cromartie High weitergeht. Während der Realfilm die Charaktere und den Ton des Mangas und Animes treu adaptiert, handelt es sich um einen eigenständigen Film aus dem Jahr 2005 und nicht um eine Fernsehserie.