"Star Ocean EX" ist eine Anime-Serie, die auf dem Rollenspiel "Star Ocean: The Second Story" basiert. Die Handlung spielt in einer fernen Zukunft, in der interstellare Reisen und die Begegnung mit verschiedenen Zivilisationen alltäglich sind. Der Protagonist Claude C. Kenny, ein junger Offizier der Erdflotte, wird während einer Erkundungsmission auf einen unbekannten Planeten teleportiert. Dort trifft er auf Rena Lanford, ein Mädchen mit mysteriösen Kräften, das in einem abgelegenen Dorf lebt. Rena hält Claude zunächst für den "Held des Lichts", eine Figur aus einer alten Prophezeiung.

Gemeinsam begeben sich Claude und Rena auf eine Reise, um die Geheimnisse des Planeten Expel zu lüften und die Bedrohung durch eine mysteriöse Kraft, die als Ten Wise Men bekannt ist, zu bekämpfen. Die Ten Wise Men sind mächtige Wesen, die die Zerstörung der Galaxie anstreben. Im Laufe der Serie schließen sich weitere Charaktere der Gruppe an, darunter der Schwertkämpfer Dias Flac, die Wissenschaftlerin Celine Jules und der mysteriöse Bowman Jeane. Jeder dieser Charaktere bringt eigene Fähigkeiten und Hintergründe mit, die zur Entwicklung der Handlung beitragen.

Die Serie erkundet Themen wie Freundschaft, Schicksal und die moralischen Dilemmata, die mit der Nutzung fortschrittlicher Technologie einhergehen. Die Handlung ist geprägt von epischen Schlachten, politischen Intrigen und der Entdeckung alter Zivilisationen. Die Charaktere müssen nicht nur gegen äußere Feinde kämpfen, sondern auch mit ihren inneren Konflikten und den Konsequenzen ihrer Entscheidungen umgehen. Die Serie endet mit einem finalen Konflikt gegen die Ten Wise Men, der das Schicksal der Galaxie entscheidet.