In der Anime-Serie "Magical Girl Raising Project" wird eine Welt dargestellt, in der magische Mädchen existieren, die von einem mysteriösen Spiel namens "Magical Girl Raising Project" ausgewählt werden. Dieses Spiel verwandelt gewöhnliche Mädchen in magische Kriegerinnen, die mit übernatürlichen Kräften ausgestattet sind. Die Protagonistin, Koyuki Himekawa, ist ein schüchternes Mädchen, das durch das Spiel zur Magical Girl "Snow White" wird. Sie freut sich zunächst über ihre neuen Fähigkeiten und die Möglichkeit, anderen zu helfen.

Das Spiel wird von einer Entität namens Fav verwaltet, die den magischen Mädchen Aufgaben stellt, um ihre Kräfte zu stärken und Punkte zu sammeln. Doch die Situation eskaliert, als Fav bekannt gibt, dass die Anzahl der Magical Girls reduziert werden muss, da das System überlastet ist. Die Mädchen müssen nun in einem tödlichen Wettbewerb gegeneinander antreten, bei dem nur eine begrenzte Anzahl überleben darf. Die Regeln des Spiels ändern sich ständig, und die Mädchen werden gezwungen, ihre moralischen Grenzen zu überschreiten, um zu überleben.

Im Laufe der Serie werden die Hintergründe und Motivationen der verschiedenen Magical Girls beleuchtet. Neben Koyuki gibt es Charaktere wie Ripple, eine ehemalige Soldatin, die als Magical Girl "Ripple" agiert, und Swim Swim, ein junges Mädchen, das durch ihre Unschuld und Naivität gefährlich wird. Jede der Magical Girls hat einzigartige Fähigkeiten und eine eigene Persönlichkeit, die ihre Entscheidungen im Kampf ums Überleben beeinflussen.

Die Handlung entwickelt sich zu einem düsteren und intensiven Konflikt, bei dem Freundschaften auf die Probe gestellt und Allianzen gebildet und gebrochen werden. Die Serie thematisiert die moralischen Dilemmata, die entstehen, wenn gewöhnliche Menschen in außergewöhnliche und lebensbedrohliche Situationen geraten. Die Handlung ist geprägt von unerwarteten Wendungen und einer zunehmenden Spannung, die die Zuschauer bis zum Ende fesselt.