"Buddy Complex: Into the Skies of Tomorrow" ist ein TV-Special, das als Abschluss der Anime-Serie "Buddy Complex" dient und die Handlung der Serie weiterführt. Die Geschichte spielt in einer Welt, in der zwei verfeindete Fraktionen, die Freiheitspaktunion (FPU) und die Großgalaktische Ziolkowskische Allianz (Zogilia), in einem langwierigen Krieg um die Vorherrschaft kämpfen. Der Protagonist, Aoba Watase, ein normaler Schüler, wird unerwartet in diesen Konflikt hineingezogen, als er von einem mysteriösen Feind namens Dio Weinberg angegriffen wird. Aoba wird von der FPU gerettet und in deren Militär aufgenommen, wo er den humanoiden Kampfroboter, den sogenannten "Luxon", pilotiert.

Im TV-Special wird die Handlung fortgesetzt, nachdem Aoba und sein Partner, Hina Yumihara, die Fähigkeit des "Coupling" entdeckt haben, eine einzigartige Synchronisation, die es ihnen ermöglicht, ihre Kampfroboter mit außergewöhnlicher Effizienz zu steuern. Die FPU und Zogilia stehen vor einer entscheidenden Schlacht, während Aoba und Hina versuchen, den Krieg zu beenden und die wahren Motive hinter dem Konflikt aufzudecken. Dabei wird die Beziehung zwischen Aoba und Hina weiter vertieft, während sie sich mit ihrer Vergangenheit und den Geheimnissen ihrer Verbindung auseinandersetzen.

Die Handlung konzentriert sich auf die Entwicklung der Charaktere, insbesondere auf Aobas Wachstum als Pilot und seine Bemühungen, Frieden zu schaffen. Gleichzeitig wird die Rolle von Dio Weinberg weiter erforscht, dessen Vergangenheit und Motivationen zunehmend komplexer werden. Das Special bietet eine abgeschlossene Erzählung, die offene Handlungsstränge der Serie auflöst und den Konflikt zwischen den beiden Fraktionen zu einem befriedigenden Abschluss bringt. Dabei werden Themen wie Schicksal, Freundschaft und die Auswirkungen von Krieg auf Individuen und Gesellschaft behandelt.