"School Days" ist eine Anime-Adaption des gleichnamigen Visual Novels, die eine dramatische und oft kontroverse Geschichte erzählt. Der Protagonist Makoto Itou ist ein Schüler, der sich in seine Mitschülerin Kotonoha Katsura verliebt. Nachdem er sie heimlich auf dem Schulweg beobachtet, fasst er den Mut, sie anzusprechen. Die beiden beginnen eine zarte Beziehung, doch Makotos Unsicherheit und mangelnde Erfahrung in romantischen Angelegenheiten führen zu Komplikationen.

Sekai Saionji, eine Klassenkameradin und Freundin von Kotonoha, hilft Makoto dabei, sich Kotonoha zu nähern. Im Laufe der Zeit entwickelt sich jedoch eine Dreiecksbeziehung, da Sekai ebenfalls Gefühle für Makoto entwickelt. Makoto, der zwischen den beiden Frauen hin- und hergerissen ist, beginnt, seine Beziehung zu Kotonoha zu vernachlässigen und sich stattdessen Sekai zuzuwenden. Gleichzeitig zeigt er zunehmend egoistische und unverantwortliche Verhaltensweisen, die seine Beziehungen weiter belasten.

Die Handlung wird zunehmend komplex, als weitere Charaktere wie die selbstbewusste Setsuna Kiyoura, Sekais beste Freundin, und die manipulative Hikari Kuroda in die Geschichte eingeführt werden. Makotos Handlungen führen zu einer Reihe von emotionalen Konflikten, die sich sowohl auf seine Beziehungen als auch auf das soziale Gefüge innerhalb der Schule auswirken. Die Dynamik zwischen den Charakteren wird immer angespannter, und die Handlung nimmt eine düstere Wendung, als Eifersucht, Betrug und Missverständnisse die Beziehungen zerstören.

Die Serie thematisiert die Konsequenzen von Untreue, emotionaler Manipulation und mangelnder Kommunikation in Beziehungen. Die Charaktere werden in einem realistischen, oft schonungslosen Licht dargestellt, was die Handlung sowohl fesselnd als auch beunruhigend macht. Die Entwicklung der Geschichte führt zu einem dramatischen und unerwarteten Finale, das die Zuschauer sowohl schockiert als auch zum Nachdenken anregt.