"Matriculated" ist eine OVA, die als Teil der Animatrix-Sammlung veröffentlicht wurde. Die Handlung spielt in einer futuristischen Welt, in der Maschinen und Menschen in einem ständigen Konflikt stehen. Die Geschichte konzentriert sich auf eine Gruppe menschlicher Widerstandskämpfer, die versuchen, feindliche Maschinen zu infiltrieren und sie durch ein spezielles Programm, genannt "Matrikulation", umzuprogrammieren. Dieses Verfahren soll den Maschinen menschliche Emotionen und Erfahrungen vermitteln, um sie dazu zu bringen, die menschliche Seite zu verstehen und möglicherweise auf ihre Seite zu wechseln.

Die Hauptfigur ist Alex, eine junge und entschlossene Anführerin der Gruppe, die zusammen mit ihren Mitstreitern wie Link und Ivy eine gefangene Maschine namens "Einheit 7" in ihre Basis bringt. Dort wird die Maschine in eine virtuelle Umgebung versetzt, in der sie menschliche Gefühle wie Liebe, Angst und Freude erleben soll. Die virtuelle Welt ist surreal und symbolisch gestaltet, um die Maschine emotional zu beeinflussen. Im Laufe des Experiments entwickelt Einheit 7 tatsächlich eine Art von Empathie und Verbindung zu den Menschen, was die Grenzen zwischen Mensch und Maschine verschwimmen lässt.

Doch die Situation eskaliert, als die Basis von feindlichen Maschinen angegriffen wird. Einheit 7 hat nun die Wahl, sich entweder gegen die Menschen zu stellen oder sie zu beschützen. Die OVA endet mit einem offenen Finale, das die Komplexität der Beziehung zwischen Mensch und Maschine sowie die ethischen Fragen der Manipulation von Bewusstsein und Emotionen thematisiert. Die Charaktere bleiben in ihrer Entwicklung ambivalent, und die Handlung hinterlässt Fragen über die Natur von Identität, Freiheit und Loyalität in einer von Technologie dominierten Welt.