Die Anime-Serie "Ape Escape" basiert auf der gleichnamigen Videospielreihe und erzählt die Geschichte einer Gruppe von Freunden, die gegen intelligente, außer Kontrolle geratene Affen kämpfen. Der Protagonist, Sōichi "Hikaru" Sugimura, ist ein junger Schüler, der zusammen mit seinen Freunden Akira Tani und Natsumi Unno in eine Reihe von Abenteuern verwickelt wird. Die Affen, die durch eine experimentelle Technologie namens "Peak Point Helmet" hyperintelligent geworden sind, haben sich über die ganze Welt verstreut und planen, die Menschheit zu unterwerfen.

Die Serie beginnt damit, dass Hikaru und seine Freunde zufällig auf den verrückten Wissenschaftler Dr. Tomoki stoßen, der die Affen mit den Helmen ausgestattet hat. Dr. Tomoki hat die Affen manipuliert, um seine eigenen machthungrigen Ziele zu verfolgen. Um die Bedrohung zu stoppen, erhält Hikaru spezielle Gadgets und Werkzeuge, darunter den "Monkey Net", mit dem er die Affen einfangen kann. Zusammen mit Akira und Natsumi reist er durch verschiedene Zeitperioden und Orte, um die entkommenen Affen zu jagen und ihre Pläne zu vereiteln.

Jede Episode präsentiert neue Herausforderungen, da die Affen unterschiedliche Fähigkeiten und Persönlichkeiten besitzen. Einige sind harmlos und komisch, während andere gefährlich und manipulativ sind. Die Serie kombiniert Action, Humor und Science-Fiction-Elemente, während die Charaktere ihre Teamarbeit und ihren Einfallsreichtum unter Beweis stellen müssen, um die Affen zu besiegen. Neben den Hauptcharakteren gibt es wiederkehrende Nebenfiguren wie den geheimnisvollen Agenten Jimmy, der die Gruppe unterstützt, und weitere Gegner, die Dr. Tomokis Pläne vorantreiben.

Die Handlung entwickelt sich durch die verschiedenen Episoden, wobei die Charaktere nicht nur gegen die Affen, sondern auch gegen ihre eigenen Ängste und Schwächen kämpfen. Die Serie endet mit einem finalen Konflikt, in dem Hikaru und seine Freunde Dr. Tomoki direkt gegenüberstehen, um die Welt vor der Herrschaft der Affen zu retten.