Die OVA "Sonic Boom Squadron" erzählt eine Geschichte, die in einer futuristischen Welt angesiedelt ist, in der eine Gruppe von Piloten, bekannt als das Sonic Boom Squadron, gegen eine mysteriöse Bedrohung kämpft. Die Handlung beginnt mit der Entdeckung einer außerirdischen Technologie, die von einer feindlichen Fraktion, den Dark Nebula, gestohlen wurde. Diese Technologie hat das Potenzial, die Energieversorgung der gesamten Galaxie zu destabilisieren. Das Sonic Boom Squadron, bestehend aus den Protagonisten Kaito, Rina und Hiro, wird beauftragt, die Technologie zurückzuholen und die Pläne der Dark Nebula zu vereiteln.

Kaito, der Anführer des Teams, ist ein erfahrener Pilot mit einem starken Sinn für Gerechtigkeit. Rina, die Technikexpertin, ist für die Wartung der hochmodernen Kampfjets verantwortlich und spielt eine entscheidende Rolle bei der Entschlüsselung der außerirdischen Technologie. Hiro, der jüngste im Team, ist ein talentierter Scharfschütze, der oft mit seinem impulsiven Naturell in gefährliche Situationen gerät. Zusammen bilden sie ein effektives Team, das sich den Herausforderungen der Mission stellt.

Die Handlung entwickelt sich durch eine Reihe von Gefechten und strategischen Manövern, bei denen das Sonic Boom Squadron sowohl im Weltraum als auch auf planetaren Schauplätzen gegen die Dark Nebula kämpft. Dabei werden die Charaktere mit moralischen Dilemmata konfrontiert, insbesondere als sie erfahren, dass die Dark Nebula nicht nur aus skrupellosen Feinden besteht, sondern auch aus Individuen, die von der eigenen Regierung im Stich gelassen wurden. Diese Erkenntnis führt zu inneren Konflikten innerhalb des Teams, insbesondere bei Kaito, der zwischen seiner Pflicht und seinem Mitgefühl schwankt.

Die OVA erreicht ihren Höhepunkt in einer finalen Schlacht, in der das Sonic Boom Squadron die Dark Nebula direkt konfrontiert. Dabei wird die außerirdische Technologie aktiviert, was zu einer unvorhersehbaren Kettenreaktion führt. Das Team muss nicht nur den Feind besiegen, sondern auch verhindern, dass die Technologie die Galaxie zerstört. Die Handlung endet mit einem bittersüßen Sieg, bei dem das Team zwar erfolgreich ist, aber auch Verluste hinnehmen muss. Die Charaktere reflektieren ihre Erfahrungen und die Bedeutung ihrer Mission, während sie sich auf zukünftige Herausforderungen vorbereiten.