Die OVA "Dragoon" spielt in einer fiktiven Welt, in der die Menschheit von mächtigen Drachen bedroht wird. Die Geschichte konzentriert sich auf die Protagonistin Rue, eine junge Frau, die als Drachentöterin ausgebildet wurde. Rue ist eine sogenannte "Dragoon", eine Kriegerin mit der Fähigkeit, Drachen zu bekämpfen und zu töten. Ihre Mission ist es, die Drachen zu vernichten, die die Menschheit terrorisieren. Im Laufe der Handlung wird jedoch deutlich, dass die Drachen nicht nur blinde Zerstörer sind, sondern intelligente Wesen mit eigenen Motiven und einer komplexen Beziehung zur Menschheit.

Rues Weg ist geprägt von inneren Konflikten und moralischen Dilemmata. Sie beginnt, die Natur der Drachen und ihre eigene Rolle als Drachentöterin zu hinterfragen. Dabei trifft sie auf verschiedene Charaktere, darunter andere Dragoons, die ihre eigenen Ansichten und Methoden im Umgang mit den Drachen vertreten. Ein zentraler Konflikt entsteht durch die Begegnung mit einem mächtigen Drachen, der sich als friedfertig und verständnisvoll erweist. Diese Begegnung zwingt Rue, ihre bisherigen Überzeugungen zu überdenken und die wahren Ursachen des Konflikts zwischen Menschen und Drachen zu ergründen.

Die Handlung entwickelt sich zu einer Auseinandersetzung mit Themen wie Vorurteilen, Rache und der Möglichkeit der Versöhnung zwischen verfeindeten Spezies. Rue muss sich entscheiden, ob sie weiterhin als Werkzeug der Zerstörung agiert oder einen anderen Weg einschlägt, der möglicherweise zu einem friedlichen Zusammenleben führen könnte. Die OVA endet mit offenen Fragen und einer Betonung der Komplexität der Beziehung zwischen Mensch und Drache, ohne eine einfache Lösung anzubieten.