Momiji Fujimiya ist die Hauptprotagonistin von Blue Seed und eine Nachfahrin der legendären Prinzessin Kushinada aus der japanischen Mythologie. Sie wurde in Izumo geboren und wuchs dort auf, einer Region, die eng mit den alten Mythen verbunden ist, und führte zunächst ein relativ gewöhnliches Leben als Mittelschülerin. Obwohl ihre Großmutter regelmäßig Reinigungsrituale durchführte und sie an eine größere Bestimmung erinnerte, erfasste Momiji die Bedeutung ihres Erbes erst vollständig, als sie von Mamoru Kusanagi konfrontiert wurde, einem Mann mit Katzenaugen und Magatama-Perlen, die in seine Hände eingebettet waren, der sie Kushinada nannte und versuchte, sie zu töten. Dieses Ereignis stürzte sie in einen verborgenen Konflikt zwischen der Menschheit und den Aragami, übernatürlichen pflanzenähnlichen Monstern, die von der achtköpfigen Schlange Yamata no Orochi hervorgebracht wurden. Als Kushinada trägt Momiji den Kushinada-Puls in ihrem Blut, eine mächtige Kraft aus dem Zeitalter der Legenden, die alle Aragami in einen ewigen Schlaf versetzen kann, wenn sie getötet wird. Die Aragami versuchen daher, sie einzuschließen oder zu opfern, während die menschlichen Kräfte sie beschützen wollen. Während eines Angriffs des mächtigen Aragami namens Orochi fing Momiji einen tödlichen Schlag ab, der für Kusanagi bestimmt war, und wurde aufgespießt. Anstatt zu sterben, wurde sie mit einer Mitama, einem Fragment einer Aragami-Seele, verschmolzen, die sich in ihrer Brust einnistete. Dieses Ereignis verlieh ihr die Fähigkeit, die Anwesenheit anderer Aragami zu spüren, eine Fähigkeit, die sich für das Terrestrial Administration Center, die geheime Behörde, die mit der Bekämpfung der Monster beauftragt war, als unschätzbar wertvoll erwies. Anschließend schloss sie sich dem TAC unter dem Schutz von Kusanagi und der Aufsicht von Direktor Daitetsu Kunikida an, zunächst um mehr über die Zwillingsschwester zu erfahren, von deren Existenz sie nie wusste, und um ihr eigenes Schicksal zu verstehen. Momiji zeichnet sich durch eine äußerst optimistische und proaktive Einstellung zu sich selbst und der Menschheit im Allgemeinen aus. Sie neigt dazu, selbst in ausweglosen Situationen das Positive zu sehen, und besitzt eine natürliche Initiative, obwohl sie sehr schüchtern und zögerlich wird, wenn es um Liebe und Romantik geht. Ihr Optimismus und ihre Widerstandsfähigkeit sind entscheidend für ihre Fähigkeit, die Schrecken, denen sie begegnet, zu ertragen und dem korrumpierenden Einfluss der Mitama in ihr zu widerstehen, den sie durch Willenskraft in Schach halten kann. Ihre Beziehung zu Mamoru Kusanagi ist die entscheidendste für ihre Entwicklung. Er beginnt als ihr potenzieller Mörder, wird aber schnell zu ihrem hingebungsvollen Beschützer, und im Laufe der Zeit entwickeln sie eine tiefe Bindung. Momiji gesteht ihm schließlich ihre Liebe während einer Krise in einer abgeschirmten Stadt, und er bittet sie, auf ihn zu warten. Sie entwickelt auch eine enge, fast väterliche Beziehung zu Herrn Kunikida, der sie mit Freundlichkeit behandelt und sich weigert, ihre Fähigkeiten auszubeuten, wie er es bei ihrer Zwillingsschwester tat. Die Entdeckung ihrer eineiigen Zwillingsschwester Kaede Kunikida, von deren Existenz sie nie wusste, verleiht ihrer Reise eine zusätzliche Ebene persönlicher Tragik und Komplexität, da sich herausstellt, dass Kaede mit den Aragami zusammenarbeitet, um den Gott Susanoo wiederzubeleben. Im Laufe der Serie entwickelt sich Momiji von einem unvorbereiteten, gewöhnlichen Schulmädchen zu einer mutigen jungen Frau, die ihre Rolle als Kushinada aktiv annimmt und sich ihrem vorbestimmten Schicksal stellt. Sie lernt, ihre Fähigkeit zur Aragami-Erkennung effektiv einzusetzen, und schöpft Kraft aus ihrem Glauben an die Menschheit und ihren Verbindungen zu den Menschen um sie herum, und erweist sich letztendlich als zentrale Figur im Kampf, um die Zerstörung der Welt zu verhindern.