Dai Yagashira scheint ein gewöhnlicher wohlhabender Oberschüler zu sein, doch heimlich ist er Mitglied der Internationalen Schatzjäger-Vereinigung (ITHA) und Erbe einer langen Linie von Schatzjägern. Zusammen mit seiner Klassenkameradin Yuki Dazai reist er um die Welt, um seltene und übernatürliche Objekte zu sammeln, die als Alien-Schätze bekannt sind – Artefakte außerirdischen oder andersweltlichen Ursprungs mit außergewöhnlichen Kräften. Ihre Jagden stellen sie gegen militärische Streitkräfte, private Milizen und rivalisierende Schatzjäger, während sie sich durch ein Netz internationaler Verschwörungen und verborgenen Wissens navigieren.

Die Serie verbindet Action, Science-Fiction und Mystery, wobei jeder Band ein in sich abgeschlossenes Abenteuer bildet, das auch in eine größere Erzählung einfließt. Frühe Handlungsbögen wie Alien-Verborgene Schatzstadt und Alien-Monsterzone führen in die grundlegenden Mechanismen der Schatzjagden und die verschiedenen Fraktionen ein, die Dai gegenüberstehen oder sich mit ihm verbünden. Spätere Bögen werden ambitionierter: Alien-Apokalypse-Aufzeichnung befasst sich mit apokalyptischen Bedrohungen, während die mehrbändigen Alien-Gottes Land und Alien-Schwarzer-Tod-Imperium die Ursprünge der Alien-Schätze und das wahre Ausmaß der im Spiel befindlichen Kräfte erkunden. Im Laufe der Serie verlässt sich Dai auf eine Mischung aus Hightech-Gadgets, alten Artefakten und seinen eigenen Kampffähigkeiten, um Begegnungen mit übernatürlichen Kreaturen, abtrünnigen Agenten und uralten Verschwörungen zu überleben.

Die Handlung wechselt zwischen realen Schauplätzen, von verborgenen Städten und mystischen Bergen bis hin zu tückischen Meeren und unterirdischen Imperien. Die Geschichte wird von Dais Entschlossenheit angetrieben, die Geheimnisse der Alien-Schätze zu lüften und sie davor zu bewahren, in die falschen Hände zu geraten, während er gleichzeitig seine Tarnung als normaler Teenager aufrechterhält.