Kyoichi Utsume und sein jüngerer Bruder Souji wurden als Kinder von einem Kami-kakushi gefangen genommen, einem mysteriösen Geist, der Menschen in eine andere Welt entführt. Kyoichi kehrte irgendwie zurück, sein Bruder jedoch nie. Dieses traumatische Ereignis verlieh Kyoichi die Fähigkeit, die andere Welt zu spüren, und ein immenses, makabres Wissen über das Okkulte. Nun ist er ein Oberschüler, ein berüchtigter Einzelgänger, stets in Schwarz gekleidet, emotionslos und heimlich nach dem Tod verlangend. Er lehnt das Konzept der Liebe ab und wird unheilvoll als der Dunkle Lord bezeichnet.

Die Geschichte beginnt an der Seisou Akademie, wo Utsume Mitglied des Literaturclubs neben seinen wenigen Freunden ist. Der Club umfasst den sportlichen und beschützenden Toshiya Murakami, die scharfzüngige und stolze Aki Kidono, den sehr gewöhnlichen aber loyalen Takemi Kondou und die gutherzige Ryoko Kusakabe. Eines Tages überrascht Utsume alle, indem er eine neue Freundin namens Ayame vorstellt, ein zerbrechliches und schönes Mädchen mit einem einsamen Lächeln, das seltsam leicht zu übersehen ist. Kurz nach dieser Vorstellung verschwinden Utsume und Ayame vollständig.

Die verbleibenden Mitglieder des Literaturclubs entdecken, dass Ayame ein Kami-kakushi ist, ein Wesen aus der anderen Welt, das vor Einsamkeit wahnsinnig geworden ist. Sie hat Utsume zurück in dieses Reich gezogen, und er möchte möglicherweise nicht zurückkehren. Um ihren Freund zu retten, teilt sich die Gruppe auf, um Antworten zu suchen. Sie konsultieren eine mysteriöse Figur namens Jinno Kageyuki, ein Wesen, das vielleicht einmal menschlich war, aber selbst zu Magie geworden ist. Sie treffen auch auf Agenten der Behörde, einer geheimen Regierungsorganisation, deren Mission es ist, die andere Welt zu bekämpfen und das öffentliche Wissen über das Übernatürliche zu unterdrücken. Die Behörde betrachtet Utsume als ein Experiment und ist bereit, die Erinnerungen der Beteiligten zu löschen. Der erste Band, Spirited Away, folgt ihrem verzweifelten und gefährlichen Versuch, Utsume aus der anderen Welt zurückzuholen.

Die Serie umfasst dreizehn Bände, wobei jeder Band einen neuen übernatürlichen Fall präsentiert, der durch den andauernden Kampf zwischen der Menschenwelt und der anderen Welt verbunden ist. Nachfolgende Handlungsbögen umfassen ein verfluchtes Fax, das Aki mit unsichtbaren Hunden heimsucht, einen Schüler, der unter Albträumen leidet, die mit einem berühmten Okkultisten verbunden sind, und eine Ouija-Board-Sitzung, die ein geisterhaftes Kind herbeiruft. Die Gruppe begegnet wiederholt übernatürlichen Bedrohungen wie verfluchten Spiegeln, opfernden Geistern und Hausgeistern, während sie gleichzeitig ihre komplexen Beziehungen und persönlichen Traumata bewältigt. Der zentrale Konflikt dreht sich oft um die kalten, wissenschaftlichen Methoden der Behörde, die mit den persönlichen, emotionalen Einsätzen der Schüler kollidieren, die bereit sind, ihr Leben füreinander zu riskieren.