In dieser Welt existieren göttliche Wesen jenseits menschlichen Verständnisses, ohne Konzept von Gut oder Böse. Diese Götter bedrohen den Frieden in ganz Japan durch zerstörerische physische Manifestationen, die Manipulation von Träumen und Verzerrungen im Gefüge der Realität selbst, wodurch die Menschen ihnen völlig ausgeliefert sind. Agent Katagishi und sein junger Partner Miyaki gehören einer geheimen Regierungsorganisation an, die damit beauftragt ist, diese übernatürlichen Vorfälle zu untersuchen und Fälle zu bearbeiten, die Gottheiten und die gefährlichen Menschen, die sie verehren, betreffen. Während ihrer Arbeit bleibt Katagishi entschlossen, seine vermisste Frau aufzuspüren, selbst wenn ihn das dazu zwingt, einer schrecklichen Wahrheit ins Auge zu sehen.

Die Geschichte folgt diesem Duo, das durch kleine Städte in Japan reist, um Phänomene zu untersuchen, die als Göttliche Einbrüche bekannt sind – unerklärliche Aktivitäten, die nur erklärt werden können, wenn man akzeptiert, dass die Götter der Natur und des Ortes ebenso real sind wie die Menschen dort. Katagishi ist ein mürrischer, kettenrauchender Mann voller Elend, während Miyaki sein fröhlicher und extrovertierter Partner ist. Ihr Vorgesetzter, Mitsuji Rokuhara, ist Katagishis ehemaliger Schwager, der die Sondereinsatzabteilung für Göttliche Einbrüche leitet.

Die Erzählung entfaltet sich durch sich überschneidende, aber nicht ganz zusammenhängende Fälle. In einer Stadt fallen seit 1997 jedes Jahr massive Körperteile vom Himmel, beginnend damit, dass ein riesiger rechter Arm während des jährlichen Festes das 25-Meter-Schwimmbecken der Schule füllte. Die Dorfbewohner sammeln diese Körperteile in einem alten Schulgebäude, nachdem sie die Schutzsteine, die zur Ehre der lokalen Gottheit gedacht waren, im Namen des Fortschritts entfernt haben. Katagishi und Miyaki untersuchen die Folklore der Gegend und erfahren von einem riesigen Gott, der einst auf dem nahegelegenen Berg lebte.

Ein weiterer Fall führt sie in eine Stadt, die als die Heimat des Gottes, der Menschen frisst, bekannt ist, wo sie Vorfälle untersuchen, die darauf hindeuten, dass jemand dieser Gottheit wirklich begegnet ist. Ein dritter Fall bringt sie in einen Touristenort am Meer neben einem weniger beliebten Bergdorf, wo eine lokale Legende von einer Meerjungfrau erzählt, die von einem Fischer gerettet wurde. Als die Bewohner sie pflegten, lud sie sie schließlich ein, ihr Fleisch für Unsterblichkeit zu essen, doch die Wahrheit hinter dieser Folklore wird für die Agenten bei ihren Ermittlungen zunehmend beunruhigend.

Während dieser Ermittlungen beobachten und befragen die beiden Agenten Dorfbewohner und ziehen ihre eigenen Schlüsse über jede Situation. Die Götter in dieser Welt sind keine Metaphern, sondern reale Wesen, deren Handlungen direkt aus dem resultieren, was Menschen tun oder unterlassen. Wenn die Verehrung einer lokalen Gottheit aufhört oder Schutzsteine für die Entwicklung entfernt werden, machen die Götter sich bemerkbar und weigern sich, vergessen zu werden. Technologie und Fortschritt mögen Wohlstand zu bringen scheinen, aber oft nicht mit dem Segen der Götter. Die Serie erforscht, wie sich Folklore in der modernen Welt manifestiert, wenn die Menschen die ursprünglichen Götter und ihre Geschichten weitgehend vergessen haben, was dazu führt, dass die Handlungen der Gottheiten noch unerkennbarer oder durch verändertes menschliches Verhalten und Umwelteinflüsse verzerrt werden.

Der erste Band ist so strukturiert, dass jedes Kapitel nach dem benannt ist, wofür ein Gott bekannt ist oder geworden ist, darunter Der Gott, der in Stücken herabsteigt und Der unbekannte Gott. Katagishis persönliche Suche nach seiner vermissten Frau dient als fortlaufender Handlungsstrang, wobei die Politik der Erinnerung und die Schnittstelle von Glaube und göttlicher Existenz dazu beitragen, den Band zu seinem Abschluss zu bringen. Die Serie ist in drei Büchern abgeschlossen, wobei der zweite Band als Prequel dient, das zeigt, wie die Taskforce für Göttliche Einbrüche gegründet wurde, auseinanderbrach und später zur Sondereinsatzabteilung wurde. Dieses Prequel folgt Sadahito Uyu, einem Hochstapler mit der Fähigkeit, das Übernatürliche zu sehen, der von einem ehemaligen Mordermittler und einer außerordentlichen Professorin für Volkskunde angeworben wird.