Die Geschichte spielt in Shinjuku City, Tokio, wo eine Reihe mysteriöser Verschwindensfälle auftreten. Der Protagonist, Win Kirifuda, erwachte vor einem halben Jahr ohne Erinnerungen an seine Vergangenheit in dieser Stadt. Er verbringt seine Tage frustriert und fehl am Platz, kann sich weder in seiner Highschool noch in seinem Teilzeitjob einfügen und vertreibt sich oft nachts die Zeit in einem Park mit einer Klassenkameradin namens Niika. Dieses ziellose Alltagsleben wird durch das Auftauchen der mysteriösen Transferstudentin Crysta erschüttert, die behauptet, alles über Win zu wissen und weiterhin erklärt, dass die beiden verlobt seien. Doch eine unheilvolle und zwielichtige Präsenz lauert hinter ihr, und die Wahrheit hinter den häufigen Verschwindensfällen, Crystas plötzliches Erscheinen und ihre Ziele sowie Wins verborgene Vergangenheit sind alle tief miteinander verflochten. Diese Erzählung dient als eine alternative Zeitgeschichte, die parallel zu den Ereignissen von Duel Masters Win verläuft und eine nie zuvor gesehene Welt darstellt, in der Win alles verloren hat und in einen Kampf hineingezogen wird, um das zurückzuerlangen, was er einst begehrte.

Die zentrale Figur ist Win Kirifuda, ein Sechzehnjähriger, dessen vollständige Amnesie ihn von seiner Identität losgelöst sein lässt. Sein Leben verflicht sich mit Crysta, einem Mädchen, das den Schlüssel zu seiner Vergangenheit hält, und Niika, einer Klassenkameradin, die einen Anschein von Normalität bietet. Zum Ensemble gehört auch Jashin-Kun, dessen Rolle mit den sich entfaltenden übernatürlichen Ereignissen verbunden ist. Der Schauplatz ist ein modernes und wiedererkennbares Shinjuku, das jedoch durch die zunehmende Häufigkeit unerklärlicher Verschwinden seltsam wirkt und eine Atmosphäre urbaner Unruhe und übernatürlicher Geheimnisse schafft.

Die Geschichte entfaltet sich als düsteres Mystery, das das etablierte Universum nutzt, um eine erwachsenere und spannungsgeladene Geschichte zu erzählen. Der bemerkenswerte Erzählbogen beginnt mit Wins amnestischem Alltagsleben und seiner frustrierenden Suche nach Zugehörigkeit. Dieser Status quo wird durch den auslösenden Vorfall von Crystas Ankunft und ihrer schockierenden Behauptung einer Verlobung auf den Kopf gestellt. Der zentrale Konflikt verlagert sich dann auf die Untersuchung der Wahrheit hinter den Verschwindensfällen in der Stadt und die Frage, ob Crysta eine vertrauenswürdige Führerin oder eine zu fürchtende Bedrohung ist. Die treibende Frage ist, ob Win seine verlorenen Erinnerungen wiedererlangen und seine wahre Verbindung zu dem Chaos verstehen kann, das sich um ihn herum entfaltet.