Der zwölfjährige Win Kirifuda, ein fröhlicher und etwas exzentrischer Junge, der im Küstenort Shirahama lebt, lebt und atmet das Kartenspiel Duel Masters. Sein Leben nimmt eine dramatische Wendung, als er eine mysteriöse Karte der Dunkelheits-Zivilisation erhält, den Abyssbell=Jashin-Kaiser. Dies ist keine gewöhnliche Karte; sie ist ein Gefäß für einen schelmischen, doch uralten dunklen Gott, den Win liebevoll Jashin-sama nennt. Bei ihrem ersten Aufeinandertreffen während eines lokalen Shopturniers weckt Win unwissentlich die schlummernde Macht dieses „Bösen Gottes“ und bereitet den Boden für eine beispiellose Erschütterung der Duel-Masters-Welt.

Anders als die vorherigen Protagonisten der langjährigen Serie, die sich auf Feuer- oder Lichtzivilisationen spezialisierten, ist Win der erste Hauptcharakter, der Dunkelheit als seine primäre Zivilisation einsetzt. Sein Deck konzentriert sich auf die neue Abyss-Rasse und nutzt trickreiche, unkonventionelle Strategien, die von Jashin-samas Fähigkeiten angetrieben werden. Wenn Win mit diesem dunklen Deck duelliert, materialisiert sich ein spezielles Feld namens Jashin-Feld, das die Kreaturen real erscheinen lässt. Ein markantes Merkmal ihrer Partnerschaft ist, dass wenn Win ein Duell gewinnt, der Gegner ein Strafspiel namens „Jashin-Zeit“ über sich ergehen lassen muss, was jedoch mehr der komödiantischen Wirkung dient als echter Boshaftigkeit.

Die anfängliche Handlung beginnt damit, dass Win an einem Turnier teilnimmt, bei dem er seine Kernfreundesgruppe trifft. Dazu gehören die sportliche und vernünftige Heldin Karen, der vorsichtige und bebrillte Ugata und der exzentrische Bowie Obochiyama. Gemeinsam geraten sie in Konflikt mit dem D4, einer Elitegruppe aus vier mächtigen Duellanten unter der Führung des arroganten Prince Kaiser. Nachdem Kaiser Wins Vater gedemütigt und sein geschätztes Deck verbrannt hat, muss Win lernen, seine eigene innere Dunkelheit zu kontrollieren und die Macht des Abyss zu meistern, um das D4 herauszufordern und zu beweisen, dass Duellieren um Leidenschaft und Spaß geht, nicht um kalten, berechnenden Sieg.

Nach seinem anfänglichen Triumph über Prince Kaiser setzt sich die Erzählung im „Duel Wars“-Bogen fort. Win wird eingeladen, die Maihama Academy zu besuchen, eine renommierte Schule, die dem Studium von Duel Masters gewidmet ist. In der Erwartung eines Paradieses voller ununterbrochener Kämpfe ist Win stattdessen frustriert vom strengen, vorlesungslastigen Lehrplan der Akademie. Entschlossen, dem Spiel wieder Spannung zu verleihen, gründet er mit seinen Freunden den „Duema Saikou Club“ (den ultimativen Duel-Masters-Club). Doch die Schule birgt dunkle Geheimnisse, da eine mysteriöse Entität die Ereignisse aus dem Schatten heraus manipuliert, und Win muss sich neuen Rivalen und Turnieren stellen, um seinen Club zu schützen und die Wahrheit aufzudecken.

Im weiteren Verlauf des Mangas weitet sich der Konflikt in späteren Bänden über Schulhofrivalitäten hinaus. Eine bösartige Fraktion namens Mondarmee, angeführt vom rachsüchtigen Sabato, greift die Maihama Academy an. Sabato, ein ehemaliges Mitglied des D4, der Prince Kaiser verachtet, versucht, den Spaß an Duel Masters vollständig zu ersticken. Dieser Bogen zwingt Win, einer echten existenziellen Bedrohung gegenüberzutreten und treibt seine Bindung zu Jashin-sama an ihre Grenzen, während sie darum kämpfen, ihre Freunde und die Seele des Spiels, das sie lieben, zu verteidigen.