Die Geschichte folgt Joe Kirifuda, einem kreativen Jungen in der fünften Klasse, der die außergewöhnliche Fähigkeit besitzt, neue Duel Masters-Kreaturen zu zeichnen und zum Leben zu erwecken. Begleitet von seinem sprechenden Deckkasten-Partner Deckie hat Joe bereits die Kreaturenwelt gerettet, die Dimension, in der die Monster der Karten leben. Nach diesem Abenteuer erlangt er die Kraft, die Essenzen von Helden zu kombinieren, um völlig neue Karten zu schmieden.

Der zentrale Konflikt entflammt mit dem Auftauchen von Abaku Onifuda, einem mysteriösen Jungen, der als König eines Dämonenkartenreichs herrscht und eine dunkle Armee von nie zuvor gesehenen Dämonenkreaturen befehligt. Abaku kündigt ein Turnier namens King of Duel Match an, das dazu dienen soll, den stärksten Duellanten zu ermitteln, der den Titel Duel Masters King erhält. Mächtige Duellanten aus aller Welt strömen in Joes Heimatstadt, um um die Krone zu kämpfen. Angesichts der überwältigenden Übermacht von Abakus Dämonenstreitkräften nutzt Joe seine einzigartige kreative Kraft, um seine ultimative Trumpfkarte zu erschaffen: Momoking, den Momotaro-Drachen, der zu seinem neuen Sidekick wird.

Die Geschichte spielt sowohl in der Menschenwelt als auch in der Kreaturenwelt. Joe wird von seinen besten Freunden unterstützt: Kira, einer besonnenen Kindheitsfreundin mit einem starken Gerechtigkeitssinn; Cap, einem fröhlichen Jungen, der ein Anwärter auf den Duel Master der Wasserzivilisation ist; und Bolts, einem Skateboarder, der Lautsprecher-Kopfhörer trägt. Die Erzählung umfasst auch komplexe Rivalitäten, wie die von Hyde, einem stoischen und loyalen Mitglied einer Eliteeinheit namens die Five Gattles. Hydes Vergangenheit beinhaltet eine traumatische Niederlage, wahrscheinlich durch Abaku, die ihn in Verzweiflung stürzte, bevor er als Duellant Erlösung fand. Der Manga erforscht Hydes Geschichte und seine wechselnden Deckstrategien, während er auf Charaktere wie Joe, Jendle trifft und später in der Fortsetzungsserie Duel Masters King MAX mit Abaku verbündet. Die King-Serie umfasst mehrere Handlungsbögen, einschließlich der Einführung der Ten Kings und der Rise of Kings Academy-Handlung.